Mason, Nadia och Bernard håller sig gömda runt om i Europa efter händelserna i första säsongen. Samtidigt kämpar Mason med sin identitet och Nadia flyr med sin dotter från agenten Aparna, medan Bernard slår sig samman med före detta CIA-agenten Hutch för att stoppa Paulo Braga. En hemlighet avslöjas när Nadia konfronterar Frank Sharpe.

Abbys flykt utlöser dödliga händelser när Mason bekämpar Manticores lönnmördare. Paulo och Joana utvecklar sitt vapen samtidigt som de jagar Mason. Bernard och Hutch kämpar mot klockan för att samla gruppen igen. Efter en våldsam sammandrabbning med Nadia söker Mason hjälp hos en gammal fiende och avslöjar Bernards mörka hemlighet.

När Paulos plan accelererar tvingas Mason och Nadia till en skakig allians. Tillsammans med Bernard, Hutch, Celine och Frank Sharpe genomför de ett djärvt uppdrag för att avslöja identiteten på en mystisk hacker som är avgörande för att stoppa en global katastrof.

Efter att ha avslöjat Edisons sanna identitet vänder teamet sitt fokus mot en prestigefylld gala där målet väntas dyka upp. Men när spänningarna mellan Mason och Nadia når bristningsgränsen och fienderna kommer allt närmare hotar ett avhopp att kullkasta hela uppdraget.

Mason och Dahlia sätter i gång en riskfylld fångutväxling för att förhandla om Abbys frigivning. Men när Mason håller på att falla samman och hotar att sabotera planen skyndar båda sidor att genomföra bytet, vilket leder till ett chockerande avslöjande från Abby som förändrar allt.

När Joana skyndar på planen att mörda Rysslands president vid G8-toppmötet tas Abby av Mason och Nadia till ett safe house i Skottland. Men när de avslöjar den fruktansvärda sanningen om vad som gjorts mot Abby utlöser det en förödande kedja av händelser.

Citadelagenterna kämpar mot klockan för att stoppa Joanas mordplan mot president Aronov vid G8-toppmötet, där hon tänker ta kontroll över ryska satelliter. Teamet måste genomföra en farlig infiltration och ställs inför omöjliga och dödliga val i en slutuppgörelse.