안토니아 스콧은 세상에서 가장 똑똑한 사람으로, 이는 행운인 동시에 저주나 다름없다. 그녀는 명석함 덕분에 비밀 실험 경찰 프로젝트인 '레드퀸'이 되었지만, 개인적인 비극을 겪으면서 자리에서 물러난다. 이제 곤경에 처한 경찰 존 구티에레스는 그녀를 세상으로 다시 데리고 나와 그녀의 능력과 과거를 시험대에 올리는 사건을 해결해야 한다.

에세키엘은 스페인에서 가장 큰 권력을 쥔 두 가문의 맏이인 알바로 트루에바를 암살하고 카를라 오르티스를 납치했다. 존은 안토니아의 종자가 되기로 한다. 두 사람의 시작은 좋지 않았지만, 모두가 손에 땀을 쥘 만한 급속도의 추격전 이후 에세키엘을 붙잡기 직전까지 간다. 카를라는 그녀의 독방에서 에세키엘에게 붙잡혀 있는 사람이 자신만이 아니라는 사실을 알게 된다.

이제 겨우 업무를 함께 시작한 안토니아와 존은 이미 납치 전담반, 라몬 오르티스, 라우라 트루에바, 그리고 레드퀸의 그림자 지도자인 멘토와 척을 진 상태다. 수사 과정에서 모두가 거짓말을 한다. 안토니아와 존은 에세키엘이 오르티스와 트루에바에게 요구한 것이 사실은 개인적인 죄를 인정하는 것임을 알게 된다. 하지만 에세키엘은 늘 한 발짝 앞서나가고, 이제는 안토니아를 위협하는 상황이 된다.

안토니아는 벽화를 마주 보며 홀로 잠에서 깨어난다. 에세키엘은 어째서 안토니아를 죽이지 않은 걸까? 암살자의 목적은 안토니아와 존을 택시로 이끌어 에세키엘 뒤에 숨은 진짜 정체를 밝히는 메시지를 전달하는 것이었다. 납치 전담반 역시 에세키엘의 주소와 택시를 발견했지만, 안토니아는 생각만큼 조각이 정확히 맞아떨어지지 않음을 눈치채는데…

안토니아와 존은 에세키엘이 단독범이 아니라 딸의 도움을 받고 있음을 알게 된다. 하지만 너무나 많은 실수를 저지른 것을 보면 앞뒤가 맞지 않는다. 납치 전담반이 함정에 빠진 뒤, 그 모든 것이 의도된 것임이 드러난다. 카를라 오르티스는 다른 독방에 갇혀 있던 납치된 여자에 대한 끔찍한 진실을 알게 된다. 존이 저지른 용서 못 할 실수로 멘토는 사건을 종결하고 안토니아를 보직 해제한다. 그녀는 이제 스페인의 레드퀸이 아니다.

안토니아의 아버지는 안토니아가 안토니아 자신의 아들을 납치했다며 그녀를 체포시키려 하지만, 존이 안토니아의 탈출을 돕는다. 혼자가 된 채 도시 전역의 경찰들에게 쫓기는 신세가 된 안토니아는 자식을 구출할 계획을 세우고자 몸을 숨기려 한다. 기억과 그녀의 정신, 오랜 친구들, 그리고 의상의 도움을 받은 안토니아는 일생일대의 임무를 위해 나선다.

존과 안토니아는 다시 한 팀이 된다. 시간에 쫓기는 퀸과 종자는 함정과 폭탄으로 가득한 지하철 터널을 뒤져야 한다. 산드라와 에세키엘이 두 사람을 기다리고 있고, 호르헤와 카를라의 목숨이 위험한 상황이다. 하지만 안토니아는 여기서 끝이 아님을 알고 있다. 산드라는 훨씬 더 강력한 존재의 예언자라는 본인의 정체를 숨겼다. 안토니아가 가장 아끼는 것을 이미 파괴한 그 사람 말이다.