ＦＢＩ：Ｍｏｓｔ Ｗａｎｔｅｄ～指名手配特捜班～

ニューヨークからジョージア州を訪れていた４人家族がモーテルの部屋で遺体となって発見され、逃亡者特捜班は被害者が銃の密輸に関与していたと踏んで捜査を行う。一方、シーズン４のプレミアでは、産休から復帰したバーンズがリーダーとなったレミーのやり方に納得できず苦労し、レミーは妹と共に母親の介護をどうするか計画を立てる。

新人捜査官レイ･キャノン（新シリーズのレギュラー、エドウィン･ホッジ）が加わった逃亡者特捜班は、国税局を狙う謎の殺人犯を追う。

３人の死亡者を出した宝石店強盗事件の犯人をチームが捜索するうち、クリスティンがマイアミで潜入捜査をしていた過去との危険な関連が明らかになる。

地質学教授の殺人事件を調べるうち、チームは南北戦争時代の秘宝に関わる古い伝説を知ることになり、金塊を見つけるためなら人を殺すことも厭わない逃亡犯と対峙する。一方、旧知の女性と再会したせいで、レミーとエイプリルの仲が揺らぐ。

ハナはコネティカットにある妹の家へ向かう途中の休憩所で、危険にさらされている少女（ゲスト出演、「イーヴィル」のダリア･ナップ）を助けようとして拉致される。レミーとチームは彼女を見つけるためにあらゆる手段を講じる。

ブルックリンのレイヴ会場で拉致された起業家がコネティカット州の自宅で刺殺体となって発見され、レミーとチームは犯人を見つけるべく幻覚剤の世界に飛び込むことになる。

仏教寺院で発生した乱射事件が憎悪犯罪なのか、それとも個人的な犯罪なのかを捜査するため、チームの感謝祭の計画は中断される。一方、レミーとエイプリルはつらい決断を下す。

アーカンソー州の小さな町にあるバーの裏で３人の検察官が殺される。出動要請を受けたチームは今回の殺人が地方検事局の扱った事件に関わっているのか、それとも個人的な復讐なのかを突き止めるべく捜査に乗り出す。一方、レイは不正と闘う母子を見て思わず手を貸してしまう。

世代間トラウマを専門とする有名な児童精神科医が、かつての患者の親族に拉致される。犯人を追ったチームは、精神科医の患者に実際は何が起こっていたのかを知る。一方、クリスティンは彼女自身の根深いトラウマと向き合う。

不祥事を起こした州警察の刑事が拉致された。その犯人が少し前に起きた事件の関係者であることが判明し、チームは仰天する。

チームはオハイオ州の変電所で起きた爆発事件の背後に潜む容疑者を追う。大手暗号資産会社にたどり着くが、その会社には会社を潰そうとする敵がいる。一方、レミーと彼の妹は彼らの人生に一区切りをつける。

バーモント州の高校生２人がバスケットボールの試合からの帰宅途中に拉致され、チームは犯人を追ううちに不気味な牧師とその弟にたどり着く。一方、レミーは弟を殺した犯人の聴聞会に出席する。

チームは拉致された14歳の少女の行方を追うが、ミネソタのソマリア人コミュニティーは結束が固く、彼らの捜査当局への強い不信感に対処しなけらばならない。

将来有望な女子トライアスロン選手が無残に殺害され、チームは被害者のチームメートとその恋人を追跡する。一方、レミーは過去に関わりのあった犯罪ドキュメンタリー番組のプロデューサーと再会する。

有名外国人テニス選手がブルックリンのテニスコートから拉致され、逃亡者特捜班が捜索に動き出す。

世界を舞台にしたトリプル・クロスオーバー・エピソードの最終話。「ＦＢＩ：特別捜査班」と「ＦＢＩ：Ｍｏｓｔ Ｗａｎｔｅｄ～指名手配特捜班～」のチームが逃亡中のテロ組織を合同で追跡する。組織はＮＹ市の主要なランドマークを破壊して市民に大規模な被害をもたらそうと企んでおり、今にもテロ計画を実行しようとしていた。

チームは行方不明の女子学生２人の捜索を始める。彼女たちのルームメートであるカーリー・キャシディ（コレット・マクダーモット）の兄は、彼女たちの寮の部屋で起きた殺人事件に関わっている。一方、ハナはネットで知り合った人物に気を取られ、仕事に集中できない。

ワイオミング州の土地管理局員２人が牧場の差し押さえに行ったまま姿を消した。逃亡者特捜班は西部の郡に向かい、犯人を追跡しようとするが住民たちに歓迎されない。一方、ハナはある人物から脅迫を受ける。

テレビ局の駐車場でニュースリポーターを射殺した犯人を追うため、逃亡者特捜班はリポーターが調査していたネタを探ることになる。一方、レミーは弟の殺人事件の再捜査について議論する。

レミーとクリスティンは情報提供者に会うため刑務所を訪れるが、聴取後に暴動が起き、情報提供者が危機に陥る。さらに刑務所のスタッフや面会者も２つの凶暴なギャングの人質になってしまう。

逃亡者特捜班は、危険な男に非合法な仕事へ誘われたと思われる行方不明の10代の移民を捜索する。一方、レミーは弟の殺人事件で、これまで公表されていなかった目撃者の存在を知る。

レミー（ディラン・マクダーモット）はチームの助けを借り、25年前に弟マイキーを殺した真犯人を追う。