Im Jahre 2015 überwacht die Chaldea Security Organization die Zukunft. Ein unerwartetes Ereignis zwingt die Gesellschaft sich mit dem Gralskrieg in der Stadt Fuyuki im Jahr 2004 zu beschäftigen. Durch Anwendung einer neuen Zeitreisetechnologie, verschlägt es zwei Mitarbeiter von Chaldea Security in die Wirren dieses Krieges. Die Zukunft der Menschheit liegt nun in den Händen von Ritsuka und Mash.
