Il Quartiere Generale della Nerv finisce sotto attacco. Mentre Asuka combatte contro la serie degli Eva, Misato tenta di salvare Shinji dall'attacco dei militari. Gendo decide di avviare l'unione fra Adam e Lilith prendendo con sé Rei, ma viene fermato dalla stessa ragazza. Ha così inizio il Third Impact, volto a portare a compimento il Progetto per il Perfezionamento dell'Uomo.
