Shiki et son équipage, poursuivis par un mystérieux vaisseau géant, décident de prendre les choses en main et de l'aborder. Ils découvrent à l'intérieur un secteur entier de la planète Guilst qui a échappé au Croque-mitemps, et dont le maître est un certain Drakkhen Joe…

Shiki et son équipage, désormais livrés à la vindicte de la foule, doivent trouver un moyen de passer inaperçus… C'est sans compter sur les forces spéciales de Drakkhen Joe, l'Élément 4. Le reste de l'équipage, à bord de l'Edens Zero, doit faire face à trois intrus… Et c'est Witch, le bouclier d'Edens, qui va à leur rencontre.

Le combat se poursuit entre Laguna, l'élément de l'eau de l'Élément 4, l'unité spéciale de Drakkhen Joe, et Wise, qui s'est habilement joué de lui. Mais bientôt, un autre membre de ladite unité va intervenir à son tour… Un drame va obliger Rebecca, toujours à bord de l'Edens Zero, à se rendre sur Belial Gore, mais là encore, un autre membre de l'Élément 4 va se mettre sur sa route…

Shiki, Pino et Homura tentent de retrouver Rebecca, avec qui ils ont perdu le contact… et tombent sur Sylphe, l'élément du vent de l'Élément 4. C'est encore un combat qui les attend. Rebecca, quant à elle, va faire la connaissance du maître de Belial Gore, Drakkhen Joe, qui va la retenir prisonnière. Quelles sont ses réelles intentions ?

Tandis que Shiki affronte Jin, Homura tente d'échapper à Sylphe. De son côté, Rebecca subit les tortures de Daichi, le dernier de l'Élément 4. Mais c'est l'intervention de Drakkhen Joe qui va bouleverser, de façon tragique, toute l'aventure de l'équipage de l'Edens Zero…

L'aventure de Shiki et ses compagnons a tourné à la tragédie, puisque le jeune homme s'est fait exécuter par Drakkhen Joe. Tout l'équipage de l'Edens Zero se retrouve captif. Confrontée à cette situation désespérée, Rebecca se replie littéralement sur elle-même. Mais l'immense tristesse qui l'a envahie va libérer un pouvoir qui défie l'imagination…

Nouvelle tentative d'assaut lancé contre Drakkhen Joe, grâce au chat de Rebecca. Shiki et ses compagnons doivent à nouveau affronter l'Élément 4, mais cette fois, les cartes sont redistribuées. Rebecca va aussi recroiser un personnage qui va lui expliquer le principe de son pouvoir spécial, et les conséquences qu'il implique.

Tandis que les Quatre Étoiles brillantes affrontent les Element 4, Shiki et ses compagnons tâchent de retrouver Laviria, retenue prisonnière par Drakkhen Joe. C'est là qu'ils vont tomber sur Sibylle, qui va leur en apprendre davantage sur l'identité de ce même Drakkhen Joe…

Shiki et ses compagnons ont réussi à retrouver Laviria, mais elle n'est pas exactement ce qu'elle prétend être. Il est désormais temps d'affronter Drakkhen Joe, mais après les révélations de Sibylle sur son identité, Wise n'attend pas ses camarades pour aller le tuer…

L'arrivée de Wise offre une seconde chance à Shiki de vaincre Drakkhen Joe, mais elle est malheureusement de courte durée. L'unique issue favorable à l'affrontement réside maintenant dans l'inversion du flux d'énergie du Général galactique…

Une page se tourne pour l'équipage de l'Edens Zero, qui va pouvoir repartir à la recherche de Mother, dans le cosmos extérieur. Mais avant cela, Shiki souhaite retourner une fois sur Granbell afin de se recueillir auprès de son grand-père…

Shiki est stupéfié de découvrir que son grand-père est encore en vie, mais l'est encore plus quand il découvre ses noirs desseins. Une bataille intense s'engage maintenant entre les deux camps…

Grâce à l'intervention d'Erzy, Shiki et ses compagnons s'en sortent. Désormais, il est temps de quitter Cosmos Sakura pour le cosmos externe, et repartir chercher Mother ! Mais pour ce faire, il va d'abord falloir franchir de nouveaux obstacles…

Shiki et son équipage débarquent sur Red Cave, la " planète des flammes ", où ils ne trouvent, bizarrement, que de l'eau… C'est le crash d'un vaisseau qui va perturber leur journée.

Sur la planète Red Cave, Shiki et ses amis découvrent un temple sous-marin et sa gardienne, Nadia, qui leur confirme qu'il existe bien un indice qui leur permettra de trouver Mother… mais pour acquérir cet indice, ils vont devoir surmonter une épreuve…

La quête des reliques de Mother amène l'équipage de l'Edens Zero sur la planète Foresta. Mais arrivés sur place, Shiki et ses compagnons se rendent compte que la situation n'est pas normale entre les machines et les êtres humains…

Le chaos qui règne sur Foresta est donc bien l'oeuvre de Ziggy. Shiki et ses compagnons vont en plus devoir affronter les hommes de Poséidon Nero, l'empereur de Cosmos Aoi. D'autre part, Harmit se rend compte que ses trois camarades des Étoiles brillantes, et elle, risquent à leur tour de se détraquer. Une course contre la montre s'engage.

Shiki et ses compagnons ont été séparés et doivent chacun affronter un membre de Beast, le corps franc de l'empereur Poséidon Nero.

Tandis que Rebecca apprend à mieux maîtriser son pouvoir du Cat Leap, Harmit, accompagnée de Wise, se rend sur le serveur qui diffuse le virus infectant les machines de Foresta… C'est là qu'elle va de nouveau croiser une vieille connaissance…

Le chaos continue de régner sur Foresta. Le conflit entre Justice et Erzy va en partie lever le voile sur la nature de leur relation. Sur le satellite-serveur qui diffuse le virus, Harmit et Wise sont toujours à la peine…

La crise s'intensifie sur Foresta à cause de nouveaux ordres envoyés par le Pr Muller depuis le satellite-serveur. D'autre part, Shiki va faire la connaissance d'une personne remarquable… qui va avoir beaucoup de choses à lui apprendre.

Shiki et son équipage s'apprêtent à suivre un entraînement avec Xenolith, l'inventeur des techniques de mécanique démoniaque. De son côté, l'empereur Poséidon Nero réunit les Oceans 6 afin de décider des mesures à prendre après les événements de Foresta.

Grâce au rude entraînement de Xenolith, l'équipage de l'Edens Zero a progressé dans sa maîtrise de l'Ether Gear. La quête des reliques doit maintenant se poursuivre afin de trouver la route qui mène vers Mother.

Face au projet génocidaire de Shura, Laguna propose à l'équipage de l'Edens le concours d'un personnage qui vit sur la planète Sandra. Là-bas, Shiki et ses amis vont en savoir plus sur le passé de Laguna et ses anciennes fréquentations…