वर्तमान मेक्सिको शहर में जासूसी की गतिविधियों, राजनीति और अपराधों के बीच टकराव जारी है। एक चालाक पर सरफिरा सीआईए ऑफ़िसर, एक महत्वाकांक्षी नौजवान मेक्सिकी-अमरीकी जूनियर ऑफ़िसर और शहर का सबसे ईमानदार पर सबसे कटा रहने वाला मेयर – ये तीनों उस समय अपनी पकड़ बनाए रखने के लिए संघर्ष करते हैं जब नशे के तस्करों का दुनिया का सबसे ख़तरनाक गिरोह शहर पर हमला कर देता है।

वेन एक मेक्सिकी-अमरीकी "फ़्यूशन सेंटर" के साथ मिलकर हाल में हुए खून-खराबे के गुनहगारों का पता लगाने की कोशिश करता है। ईज़ा दूतावास में रहने के आदेश को नज़रअंदारज़ करती है और गरेरो कार्टेल के बारे में मिले एक सुराग पर काम करती है। और लालो अपने करियर को उस समय ख़तरे में डाल देता है जब वह तस्करों की तहकीकात पर नियंत्रण पाने के लिए मेक्सिको के राष्ट्रपति से झगड़ा मोल ले लेता है।

ईज़ा अपनी पहली "ख़बरी" को भर्ती करती है, जिसकी पहुँच गिरोह तक है, पर इस बीच वह नैतिकता की हदें पार कर देती है। वेन के अतीत से आया एक इंसान उसकी दुखद और दर्दनाक यादें ताज़ा कर देता है। लालो अपने और अपनी पत्नी के रिश्ते को खतरे में डालकर एक बलात्कार के मामले की उस तहकीकात को आगे बढ़ाता है जिसमें रईस और प्रभावशाली परिवार के बच्चे शामिल हैं। और शहर के लिए बाउटीस्टा की योजना साफ़ होने लगती है।

वेन, ईज़ा और पैमेला एक भ्रष्ट बैंकर के घर में घुसपैठ का ख़तरनाक मिशन शुरू करते हैं ताकि वे गरेरो गिरोह तक पहुँच सकें। एक कला प्रदर्शनी की तैयारी में साथ-साथ काम करते हुए लालो और ईज़ा के बीच नज़दीकियाँ बढ़ने लगती हैं, पर उनके अतीत में हुए हादसे उनकी दोस्ती पर खतरा बनकर मंडराने लगते हैं। और बाउटीस्टा के गुंडे एक ऐसा गुप्त ऑपरेशन करते हैं जिसके ख़ौफ़नाक नतीजे पूरे शहर को झेलने पड़ते हैं।

वेन, ईज़ा और रोमेरो बंधकों को छुड़ाने के लिए जी-जान लगाकर काम करते हैं। लालो और उसका पुलिस विभाग भी यही करता है, पर लालो की अपनी भी एक योजना है। बाउटीस्टा अपने गुंडों के साथ मिलकर एक गुप्त योजना को अंजाम देता है। और वेन और ईज़ा को आखिरकार वह ख़ौफ़नाक सच समझ आता है कि बाउटीस्टा ने शहर में घुसपैठ क्यों की।

लालो पिछले एपिसोड में हुई घटनाओं से हकबकाया हुआ है। वह ईज़ा को शहर के बाहर अपने परिवार के एस्टेट पर ले जाता है, जहाँ ईज़ा को लालो का एक बहुत बड़ा राज़ पता चलता है। इसी दौरान वेन को बाउटीस्टा की एक कमज़ोरी का पता चल जाता है और उसका इस्तेमाल करके वह उसे फँसाने का जाल बिछा देता है। पर बाउटीस्टा भी अपना एक जाल बिछा रहा है।

हाल में हुए खून-खराबे के बाद ईज़ा वेन से अलग होकर अपना निजी तथा व्यावसायिक जीवन ख़तरे में डाल देती है। वेन अतीत से जुड़े एक इंसान से मिलता है और फ़्लैशबैक में पता चलता है कि किन दर्दनाक कारणों से वह बाउटीस्टा से इतनी नफ़रत करता है। बाउटीस्टा गरेरो एक शारीरिक और आध्यात्मिक यात्रा में पहाड़ियों पर जाता है और एक ऐसे फ़ैसले पर पहुँचता है जिसका नतीजा लालो और पूरे मेक्सिको के लिए बहुत ख़ौफ़नाक होगा।

वेन के अनौपचारिक ऑपरेशन आखिरकार उसे तब खतरे में डाल देते हैं जब ईज़ा का मंगेतर एक ऐसे सुराग की तहकीकात करता है जिससे वेन और ईज़ा जेल जा सकते हैं। वेन की गलती को छिपाने के लिए ईज़ा को एक नकली ख़बरी लाना होगा। इसी दौरान बाउटीस्टा वेन की जान ख़तरे में डालता है और न जाने क्यों उसे ज़िंदा छोड़ देता है। वेरॉनिका को अपनी शादी का सच समझ आने लगता है। और लालो बहुत गलत कामों में फँस जाता है।

लालो का गरेरो गिरोह से सामना होता है, जिसके नतीजे जानलेवा हैं। वेन की एक जोखिमभरी कोशिश के कारण वेन और ईज़ा की नॉर्दर्न फ़ेडरेशन से एक ख़तरनाक मुठभेड़ होती है। उधर ईज़ा और लालो को अपने रिश्ते के बारे में एक नई बात का एहसास होता है।

पिछले एपिसोड में हुई घटनाओं के बाद वेन, ईज़ा, वेरॉनिका और लालो अपनी ज़िंदगी और रिश्तों को एक नए एहसास के साथ देखने लगते हैं। सीज़न का अंत आते-आते पुराने संबंध खत्म हो जाते हैं और नए संबंध बन जाते हैं। और हमारे मुख्य किरदारों को जंग के लिए तैयार होना पड़ेगा क्योंकि एक नई जंग का बिगुल बज चुका है।