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Im neuen Oberstufenjahr treffen Haruka und Makoto Nagisa wieder, der auch ein Mitglied des Schwimmclubs in ihrer Kindheit war. Da der Schwimmclub von damals abgerissen werden soll, graben sie dort die Zeitkapsel aus, die sie dort vergraben hatten. Dort treffen sie auf das vierte Mitglied der Gruppe, Rin, der damals gegangen war, um im Ausland zu studieren.

Makoto und Nagisa beobachten gespannt mit angehaltenem Atem wie Haruka und Rin gegeneinander um die wette schwimmen. Sie bemerken allerdings, dass sich Rin verändert haben muss. Gleichzeitig beginnt Nagisa, mit der Hilfe von Rin's Schwester Gou damit, einen neuen Schwimmclub zu eröffnen.

Der Iwatobi-Schwimmclub braucht mehr Mitglieder bevor an Staffettenwettkämpfen teilgenommen werden kann. Nagisa setzt seine Hoffnungen auf seinen Mitschüler Rei, der Mitglied im Laufclub ist. Obwohl Rei abgelehnt hat, plant Nagisa weiterhin ein ihn zu rekrutieren.

Rei ist endlich ein Mitglied des Iwatobi-Schwimmclubs! Schon gibt es aber den ersten Ärger im Team.

Haruka und die anderen Mitglieder entscheiden sich dazu ein Trainingscamp zu veranstalten, um sich für die Präfekturausscheidungen vorzubereiten. Jeder trainiert nach eigener Einschätzung. Allerdings ist Rei unglücklich, weil er zurückfällt, also schleicht er sich nachts zurück zum Meer um zu trainieren.

Die vier Mitglieder werden dazu gezwungen, deren Motivation zum Schwimmen zu überdenken. Als Rei Makoto auf sein seltsames Verhalten anspricht, erzählt Makoto ihm von seiner Vergangenheit.

Die Präfektur-Wettkämpfe rücken näher und Haruka und die anderen Mitglieder des Schwimmclubs werden besser und besser. Währenddessen enthüllt Rin seine Motivation fürs Schwimmen. Schließlich müssen die Schwimmer die Früchte ihres Trainings beim Turnier präsentieren.

Haruka, Makoto, Nagisa und Rei schwimmen in ihren Einzelwettkämpfen. Rin wird wütend als er sich daran erinnert, wie sie in der Grundschule geschwommen sind. Anschließend müssen sich die vier Mitglieder des Iwatobi-Schwimmclubs auf das Langstrecken-Staffelschwimmen vorbereiten.

Die Präfektur-Wettkämpfe sind vorbei und die Mitglieder des Iwatobi-Schwimmclubs sind zufrieden mit dem Fortschritt, den sie gemacht haben. Das örtliche Sommerfest gibt ihnen die Gelegenheit, sich auszuruhen. Als Nagisa herausfindet, dass auch Rin auf dem Sommerfest ist, trägt er Rei auf, Rin zu folgen und sicherzustellen, dass er und Haruka sich nicht treffen.

Coach Sasabe beginnt, den Iwatobi-Schwimmclub für das bevorstehende Turnier zu trainieren. Währenddessen ist Rei unglücklich über die Tatsache, dass er der einzige ist, der nicht weiß, was sich in der Vergangenheit mit Rin ereignet hat. Nachdem Rei seinen Gefühlen Ausdruck verleiht, beschließt Haruka, ihm zu erzählen, was in ihrer Grundschulzeit vorgefallen ist.

Nachdem er von der Vergangenheit der anderen erfahren hat, geht Rei zur Samezuka-Akademie um Rin zu fragen, was er wirklich will. In der Nacht bevor Iwatobi und Samezuka zu den Regionalwettkämpfen aufbrechen, ruft Rin Rei zu sich und erklärt ihm, was ihm das Staffelschwimmen bedeutet. Anschließend verkündet Samezuka die Mitgliederaufstellung für das Staffelschwimmen.

Der Iwatobi-Schwimmclub muss gewinnen, um zu den Nationalwettkämpfen zugelassen zu werden. Das Turnier rückt näher und die Nervosität steigt. Währenddessen steigt auch Rins Verärgerung. Als die Zeit für das Langstrecken-Staffelschwimmen kommt, müssen alle ihre eigene Antwort finden als sie auf die Startlinie zugehen.