시즌 5는 잭 바우어가 본의 아니게 자신의 죽음을 가장한 채 지하로 숨은 지 18개월이 되는 시점에서 시작된다. 가명으로 유전에서 일하는 잭은 아들을 둔 한 여자의 집에 세 들어 살며 조용한 삶을 산다. 하지만 이 시리즈에서 가장 충격적인 시즌 오프닝으로 손꼽히는 이른 아침의 국가 안보 침해로 인해 잭은 모습을 다시 드러낼 수밖에 없게 된다. 일단 모습을 드러낸 바우어는 CTU 국장인 빌 뷰캐넌과 핵심 요원들이 갈수록 고조되는 일련의 비극에 반응하는 동안 순식간에 긴급 지명 수배자가 된다. 한편, 불안한 로건 대통령은 국가 안보 비상사태와 스스로 자신의 업적이 될 것이라고 믿는 중대한 무기 조약 서명 사이에서 균형을 맞출 수밖에 없다.
