Emily zit de laatste dagen van haar FBI schorsing uit, en heeft moeite met het verwerken van de consequenties van haar acties van de twee voorafgaande seizoenen. Extreem waakzaam en wantrouwend naar anderen, ziet Emily overal gevaren en neemt iedereen onder de loep.

Na de dodelijke gebeurtenissen moet Emily racen tegen de tijd om Nick te vinden en te redden, samen met zijn mysterieuze informant, Kai. Wanneer ze zijn locatie vindt, realiseert Emily zich dat er een complexere samenzwering aan ten gronde ligt en moet accepteren dat er een mogelijkheid is dat Nick is vermoord.

Gedesoriënteerd en gedrogeerd tot een verlamde staat, wordt Nick wakker in een donkere en afgesloten locatie. Ondertussen weigert Emily te geloven dat Nick dood is en sluit een deal om hem terug te krijgen, om erachter te komen dat Dawkins een val heeft gelegd en iedereen in gevaar is.

Emily's eist van de FBI om achter Nick aan te gaan en stuit op weerstand, wat ertoe leidt dat ze een riskant plan in gang zet dat haar oog-in-oog brengt met de man die haar naar Nick kan leiden. Ondertussen, ergens in Europa, wordt Nick gedrogeerd en psychologisch gemarteld, waardoor zijn onzekerheden als FBI agent, een man en als vader naar boven komen.

Emily houdt zich aan Dawkins voorwaarden om naar Nick gebracht te worden, en zet een slimme list in elkaar. Ondertussen, terwijl Nick's schuldgevoel en paranoia hemdreigen te overweldigen, laat hij zijn persoonlijke demonen achter zich.

Nick wordt nog steeds gemarteld, maar probeert te ontsnappen aan zijn ontvoerders. Cal en Emily gaan op pad om Nick te redden en komen onderweg dichter bij elkaar. Wanneer ze de mysterieuze locatie bereiken, vinden ze aanwijzingen die verwijzen naar Nick's zaak in Boston, maar Nick is nergens te bekennen.

Emily doet een laatste poging om de gestolen bestanden tegen Nick te ruilen en eist om bewijs dat hij nog in leven is. Ze weet niet dat Nick aan zijn gijzelnemers ontsnapt is tijdens een spannende ontsnapping. Nick neemt contact op met de FBI en Emily neemt de beslissing om Cal over zijn verleden te confronteren.

Emily en Nick bedenken een plan om het vluchtelingenkamp binnen te komen en Cal vermomt zich als Meridian-bewaker in de hoop om Armstrong te vinden en voor het gerecht te brengen. Ondertussen komen Crown en Gunnarsen dichterbij Meridians mol en is er een onverwachte bezoeker op de boerderij.

Nick probeert de vluchtelingen te bevrijden en Cal confronteert Armstrong eindelijk. Als Gunnarsen en Crown adjunct-directeur Webb gaan arresteren, ontdekken ze iets dodelijks. Ondertussen probeert Emily Elliot's operatie tot op de bodem uit te zoeken en doet ze haar uiterste best om haar familie te beschermen.

Emily en Nick worden eindelijk herenigd met Flynn in Boston, maar de dreiging van Elliot's biowapen blijft groot. Emily neemt drastische maatregelen en maakt een gevaarlijke keuze om de veiligheid van haar gezin te garanderen.