La lucha entre los Evangelion y los Ángeles escala hacia un punto crítico. Nuevos pilotos como Mari y Asuka se unen al combate junto a Shinji y Rei. Sin embargo, cuando un Ángel toma el control del Eva 03 con Asuka dentro, Gendo ordena al Eva 01 destruirlo en modo automático. Devastado, Shinji decide abandonar NERV, justo cuando un nuevo Ángel aparece y amenaza con desencadenar el Tercer Impacto.
