Karakuri Circus

11-vuotias Masaru Saiga peri suuren omaisuuden hänen isänsä kuoltua onnettomuudessa. Masarua jahtaavat rikkauksien takia sieppaajat, jotka lähettävät pelottavia marionetteja kidnappaamaan hänet. Masaru pakenee sirkustyöntekijä Narumi Katon avulla, mutta pian sieppaajat ovat heidän kintereillään. Kaikki näyttää menetetyn, kunnes peliin puuttuu nainen nimeltä Shirogane.

Saatuaan olla rauhassa vain pienen hetken Masaru, Narumi ja Shirogane joutuvat uudelleen pulaan. Salamurhaaja Eiryo Ashihana on jäljittänyt heidät ja hyökkää heidän kimppuunsa ilkeän, klovnimaisen Pulcinella-marionettinsa avulla. Shirogane vastaa hyökkäykseen omalla Arlequinin-marionetillaan, mutta kun hänen huomionsa herpaantuu, Ashihanan miehet sieppaavat Masarun.

Sieppaajien sinnikkyys tuottaa viimein tulosta ja he saavat napattua Masarun. Narumi ja Shirogane tajuavat, että Masarun setä Zenji Saiga on kaappauksen takana. He kiirehtivät sedän kartanolle pelastaakseen Masarun, joka puolestaan yrittää paeta itse. Samalla hän löytää järkyttävän asiakirjan, jonka hänen edesmennyt isänsä on kirjoittanut.

Masaru päättää, että omien heikkouksien voittaminen on ainoa keino paeta Zenji-sedältä. Hän kohtaa jälleen kasvokkain salamurhaajakseen haikailevan Ashihanan, mutta päättää olla pakenematta ja tarjoutuukin sen sijaan työskentelemään Ashihanalle. Yrittäessään pelastaa Masarun Narumi ja Shirogane joutuvat itse Zenjin marionettien sieppaamaksi, eikä pakokeinoa ole…

Pelastettuaan Masarun useita kertoja Narumi joutui keskelle Zenjin kartanon tuhonnutta räjähdystä, eikä häntä ole sen koommin nähty. Masaru on murheen murtama, mutta hän päättää olla vahva, kuten Narumi oli opettanut. Hän palaa kouluun ja yrittää jatkaa normaalia elämää. Shirogane kirjoittautuu läheiseen kouluun voidakseen edelleen suojella Masarua.

Narumi, jonka oletettiin kuolleen Karuizawan räjähdyksessä, herää ja huomaa olevansa sairaalassa. Hän tapaa siellä naistenmies Guyn ja vanhan naisen nimeltä Lucille, ja yrittää palauttaa mieleensä, mitä tapahtui. Kun Narumi jututtaa sairaalan lapsipotilaita ja näkee omien haavojensa paranevan uskomattoman nopeasti, hän alkaa epäillä, että jotain outoa on tekeillä.

Saatuaan tietää totuuden ZONAPHA-syndroomasta Narumi käsittää, että on vain yksi keino antaa tulevaisuus siitä kärsiville lapsille. Hänen on tuhottava Midnight-sirkuksen taudin levittämiseen käyttämät automaatit. Onnistuakseen siinä hän päättää ryhtyä “shiroganeksi” – automaattien tuhoajaksi. Sillä välin Masaru ja Shirogane ovat liittyneet Nakamachi-sirkukseen ja kohtaavat salaperäisen Vilman.

Veitsenheittäjä Vilman liityttyä joukkoon ja onnistuneen varainkeräyksen ansiosta Nakamachin sirkus on valmis järjestämään esityksen Izussa. Ensi-iltaan valmistautuessaan Narumi, Guy ja Lucille nousevat Shanghain lentokoneeseen keskiyön sirkuksen kannoilla. Mutta koneessa on mukana myös monta robottia, minkä seurauksena Tyynenmeren yllä käydään kiivaita taisteluita.

Nakamachi-sirkuksen jäsenet pelastavat haavoittuneen Guyn, joka onkin Shiroganen marionettiopettaja. Yllättävä jälleennäkeminen saa Shiroganen avautumaan menneisyydestään Masarulle, joka lähtee vuorostaan yksin ratkomaan omaan kasvatukseensa liittyviä mysteerejä. Narumikin kohtaa hahmon menneisyydestään, kun hän ja Lucille tapaavat Kiinassa Narumin vanhan kamppailulajien opettajan, Liangin

Lian kertoo tarinaa kolmiodraamasta, joka johti ZONAPHA-syndrooman syntyyn. Veljekset ja kunnianhimoiset alkemistit, Jin ja Yin, rakastuivat samaan naiseen, Francineen, ja heidän kilvoittelunsa aiheutti tragedian, joka valtaisi koko maailman. Narumi seuralaisineen ovat yhä sokissa kuultuaan tämän kauhean totuuden, kun Pantalone, yksi neljästä vanhimmasta automaatista, ilmestyy heidän eteensä.

Kiinan-tapahtumat johdattavat Keskiyön sirkuksen jäljet Saharan autiomaahan. Siellä Narumi kohtaa aavikkospesialisti Fatiman, kun shiroganet ympäri maailman yhdistävät voimansa tuhotakseen automaatit. Taisteluun valmistautuvat myös bionisesti parannellut shirogane-O:t, joita johtaa komentaja Faceless.

Narumi kumppaneineen on onnistunut voittamaan Merry-Go-Round Olsenin ja Acrobat Brothersin Midnight-sirkuksen isossa teltassa. On kaksi ovea, joista vain toinen johtaa Doll Francinen luo, joten he päättävät jakautua kahteen ryhmään. Ovien takana odottaa kuitenkin uusi vihollinen.

Taisteltuaan tiensä Midnight-sirkuksen teltan keskelle shiroganet saavat Doll Francinen vihdoin näköpiiriinsä. Mutta ennen kuin he tavoittavat hänet, heidän on ensin lyötävä neljä vanhinta automaattia. Kun yksi noista neljästä, Colombine, yrittää tappaa jo ennestään pahasti haavoittuneen Narumin, muut shiroganet löytävät yhteisen sävelen halussaan suojella häntä kaikin keinoin.

One life after another is extinguished in the fierce fighting. Narumi also teeters on the brink of death as Rockenfield attempts emergency surgery. Meanwhile, Arlequino and Pantalone regain their freedom after having been forbidden to move by Doll Francine’s exact lookalike, Doll Angelina. As the situation grows bleaker, Narumi opens his eyes, his body now infused with the hopes of his friends.

Having set out alone to seek answers to the mysteries surrounding his birth, Masaru visits the apartment where he lived with his mother. There he remembers being taken in by the Saiga family after her death, but can't seem to remember his father Sadayoshi's face. As his thoughts turn to conversations with his grandfather Shoji, Masaru then heads for the place he was reborn, the Karakuri mansion.

Masaru has been captured by the Kuroga puppeteers. When he regains consciousness, he sees in front of him his grandfather Shoji, who Masaru had thought dead. However, the once kindly Shoji is now hostile and calls Masaru by his father’s name, Sadayoshi. Forced to drink Shoji’s Aqua Vitae-infused blood, Masaru begins to experience Shoji’s memories of working as a town doctor in Tempo-era Nagasaki.

Masaru continues to journey through Shoji’s memories. Therein he sees Shoji drink the Aqua Vitae and decide to live with Angelina. With her by his side, Shoji devotes himself to developing marionettes to aid the shiroganes. The couple are then visited by a man named Dean Maistre, who has traveled from France on Lucille's orders to help supply Shoji’s marionettes to shiroganes around the world.

Shoji and Angelina’s daughter Éléonore comes into the world. Her birth is the catalyst for a gradual change in the attitudes of Guy and Doll Francine. However, the sense of happiness that pervades the group proves fleeting, as eerie mechanical sounds signal an assault on Kuroga village by the automata.

After regaining consciousness, Masaru manages to escape from his captors and resolves to prove he is not Sadayoshi. Pursued by Guy and the Kuroga clan, he unexpectedly runs into Shirogane, who had come to Kuroga looking for him. However, before they can get away, another vision floods Masaru’s mind. In the vision, Angelina’s hopes have been dashed as Éléonore has ended up drinking the Aqua Vitae.

To download his brain’s data into Masaru and thereby form an intimate bond with Éléonore. That was Sadayoshi’s intent. Despite Masaru’s tears at seeing so many people’s hopes crushed within Shoji’s memories, Shoji and Guy remain convinced he is Sadayoshi. Just as Guy is about to turn his knife on Masaru, one of the Kuroga clan unexpectedly interrupts to reveal a truth of which not even Shoji knew.

One man, in different guises and eras, manipulating the strings of fate to his own ends. That man is Bai Jin. After revealing himself in the form of Faceless, he kidnaps Shirogane and causes giant ZONAPHA-spreading silver goddesses to appear worldwide. Masaru attacks, but Jack-o'-Lantern has no effect as the goddesses have no solid form. Desperate, he teams up with Guy and Lise to pursue Faceless.

Narumi and the others arrive at the research institute to protect the “Harry” ZONAPHA treatment machine. After Tom is taken hostage, Mingxia takes on the automata Jones. He toys with her at first, but she finds renewed strength in her memories of her father and Lucille. Meanwhile, Shirogane remains captive, and is pestered by Colombine, Pantalone and Arlequino, who insist on calling her Francine.

The fighting rages on at the research institute. George is overpowered by Schnurzi, a new type of shirogane-O, who then reveals why he has sided with Faceless. Meanwhile, Ashihana squares off against Pantalone, looking to settle an old score from the Sahara. Recalling Fou’s advice, he analyzes Pantalone’s attacks and manages to spot an opening. However, the automaton will not be easily defeated...

Narumi and Mingxia finally manage to reach the “Harry” ZONAPHA treatment machine. However, they find Dr. Banhart and the other researchers on the verge of death after having been attacked by the automata Blom Blom Low and Drill September. To try and give themselves enough time to save the researchers, Narumi and Mingxia tackle one foe each, but Mingxia is struck down by Blom Blom Low’s blade.