Mason, Nadia og Bernard skjuler seg rundt om i Europa etter hendelsene i sesong 1. Mens Mason kjemper med identitetsproblemer og Nadia flykter med dattera fra agenten Aparna, allierer Bernard seg med eks-CIA-agent Hutch for å stanse Paulo Braga. En hemmelighet dukker opp når Nadia møter Frank Sharpe.

Abbys flukt fører til dødelige hendelser, mens Mason kjemper mot Mantikora-snikmordere. Paulo og Joana lanserer våpenet sitt mens de jakter på Mason. Bernard og Hutch jobber for å gjenforene gruppa. Etter et voldelig sammenstøt med Nadia søker Mason hjelp fra en gammel fiende og oppdager Bernards mørke hemmelighet.

Når Paolos plan akselererer, tvinges Mason og Nadia inn i en vanskelig allianse. Sammen med Bernard, Hutch, Celine og Frank Sharpe gir de seg i kast med et dristig oppdrag for å avdekke identiteten til en mystisk hacker som er nøkkelen til å stanse en global katastrofe.

Etter å ha funnet Edisons sanne identitet, forflytter teamet seg til en høyprofilert galla der målet deres er ventet å dukke opp. Men idet spenningene mellom Mason og Nadia når et bristepunkt og fiendene nærmer seg, truer en overilt beslutning med å sette hele oppdraget i fare.

Mason og Dahlia iverksetter en risikabel fangeutveksling for å forhandle om Abbys frigjøring. Men når Masons sammenbrudd truer med å sette planen i fare, jobber begge sider med å utføre handelen, som fører til en sjokkerende avsløring fra Abby som forandrer alt.

Når Joana akselererer planen om å ta livet av den russiske presidenten på G8-toppmøtet, tar Mason og Nadia Abby med til et skjulested i Skottland. Men når de avdekker den grusomme sannheten om hva som ble gjort med Abby, utløser det en ødeleggende hendelsesrekke.

Citadell-agentene skynder seg for å hindre Joanas drap på president Aronov på G8-toppmøtet, der hun planlegger å gripe kontrollen over russiske satellitter. Teamet må utføre et farlig infiltrerings-oppdrag og konfrontere umulige og dødelige valg i en siste konfrontasjon.