32 エピソード
1『幻のゲーム、プライム・エンパイア』
1『幻のゲーム、プライム・エンパイア』
強盗を調査中に、ニンジャたちは伝説プログラマーが未完成のまま制作が中止になってしまったアーケードゲームを発見！そのゲームが突然ニンジャゴーシティにあるゲームセンターをコントロールし始めて…
2『伝説のプログラマー、ミルトン・ダイアー』
2『伝説のプログラマー、ミルトン・ダイアー』
ニンジャたちはダイヤー島にいるゲーム界の伝説であるミルトン・ダイヤ―からジェイが失踪してしまったプライムエンパイヤ―について答えを求めに向かったのだった。
3『いざクリア！レベル１３の壁』
3『いざクリア！レベル１３の壁』
サイラス・ボーグはプライムエンパイヤについて衝撃的な秘密を発見する。その頃ニンジャたちはレベル13に挑戦し、無事ゲームの世界へ入ることができたのだが…
4『スーパースター！ウルトラ・ジェイ』
4『スーパースター！ウルトラ・ジェイ』
プライムエンパイヤのゲームの中では、ニンジャたちは見知らぬ世界で、いつものルールもこの世界だと通用しないとわかる。ニンジャたちはジェイを探しウラガミの部下であるストムレッドから逃れたが…
5『お任せを！拙者はオキノでござる！』
5『お任せを！拙者はオキノでござる！』
侍のオキノはなかなかゲームをうまく進めることができずすっかり自信を失くしてしまう。そこにニンジャたちが到着して…
6『裏技もあり？テラ・ナチュラの攻略！』
6『裏技もあり？テラ・ナチュラの攻略！』
ウラガミを止めるために、ニンジャたちは3つのキーブレードを入手しなければならない。まず一つ目はテラ・ナチュラ。そこはプライムエンパイヤで最も危険なエリアと言われていて…
7『ボッタクリ？絶壁の商人シフティ！』
7『ボッタクリ？絶壁の商人シフティ！』
ウナガミの部下の恐ろしいストムレッドが追いかけてきたが、ニンジャたちは「シフティのヒストリー」へ上らなければならず…
8『奪え、キーブレード！ドラゴンとの戦い』
8『奪え、キーブレード！ドラゴンとの戦い』
テラナチュラのゲームは続き、侍のオキノは味方であるニンジャたちを助けるか、彼の生みの親であるウラガミと手を組むかを選択しようとして…
9『狙えパーフェクト！キレキレダンスで勝負よ！』
9『狙えパーフェクト！キレキレダンスで勝負よ！』
ニンジャたちは2つ目のキーブレイドを手に入れるためにはテラテクニカのレースで優勝しかないと知るが、思いがけないところでレーシングカーと遭遇して…
10『勝てない助っ人、レーサー・セブン』
10『勝てない助っ人、レーサー・セブン』
ニンジャたちが野蛮なスピードレースに向けて準備していると、ロイドがキーブレイドが欲しく何度もレースに参加しているレーサー・セブンと出会い…
11『もう負けない！エンパイア・スピードレース』
11『もう負けない！エンパイア・スピードレース』
ウナガミの兵隊、ストムレッドは秘密基地であるスコットのガレッジを見つけ出しニンジャたちを攻撃してきた！
12『エンドレス！？恐怖のテラ・クラシカ』
12『エンドレス！？恐怖のテラ・クラシカ』
ニンジャたちは仲間を失った悲しみにくれる間もなく、マッドキング神殿へ突き進み…
13『ミルトンの影を追え、探偵ゼンの事件簿』
13『ミルトンの影を追え、探偵ゼンの事件簿』
ニンジャゴーシティでは、ゼンとピクサルがミルトン・ダイヤーの居場所を追い、一体何が怒っているのかを探して…
14『プライム・エンパイア 封印の真実』
14『プライム・エンパイア 封印の真実』
ゼンがメカニックであるウナガミに誘拐されてしまい、途方に暮れたピクサルは、プライム・エンパイヤの電源を落とせるのかをミルトン・ダイヤーにきくことにした。
15『サイバー・ドラゴン：キルベルス あらわる』
15『サイバー・ドラゴン：キルベルス あらわる』
ジェイはたった一人でウナガミとの最後のゲームに挑まなければいけなくなり…
16『ゲームオーバー⁉ 復讐のAIウナガミ降臨』
16『ゲームオーバー⁉ 復讐のAIウナガミ降臨』
ウナガミはニンジャゴーシティを攻撃してリアルな世界を壊そうとするが、ジェイ、ゼン、ピクサルによってその災害を防ぐことができた。そしてウナガミは生みの親であるミルトン・ダイヤーと再会することに…
17『冒険のはじまり！伝説の王国グラニティ』
17『冒険のはじまり！伝説の王国グラニティ』
ニンジャたちはグラニティ王国のバニア姫生誕祭へ招待された。ウー先生も一緒に連れていくことにしたが、彼は最近自分の老いを感じていて…
18『未知なる扉！グラニティ王国の秘密』
18『未知なる扉！グラニティ王国の秘密』
コールは不思議な訪問者を調査しようとするが、もう何を信じればいいのかわからなくなっているニンジャたち。コールはサポートしてくれない仲間に不満を持ち、バニア姫から地下に続く秘密の扉から中に入り謎を明らかにすることにした。そこには町に秘密の計画を開催していて…
19『俺の名案！ダンジョン救出大作戦！』
19『俺の名案！ダンジョン救出大作戦！』
ニンジャたちはコールを助けようするが、囚人のグックルスとマンスが口論をはじめ、バンゲリス王に見つかってしまい、ニンジャたちも囚人となってしまう…
20『聞かせてください！ゲックルスとマンスの因縁』
20『聞かせてください！ゲックルスとマンスの因縁』
スカルキングの鎖の囚人から逃げるためには、グックルスとマンスのお互いの誤解を解くように説得しなければならず…
21『アッタマきた！負けられない女の戦い』
21『アッタマきた！負けられない女の戦い』
ジェイ、ニャーとロイドはマートに深い鉱山に導かれ、自分たちの洞窟（植民地）へ戻ってきた。マーテッサと会ったが、やっかいなことに彼女はジェイのことを気に入って…
22『異議あり！ライノクリーチャーの審判』
22『異議あり！ライノクリーチャーの審判』
道を別れたカイとゼンはゲックルス一族を発見したが、スカルキングの手下だと容疑をかけられてしまう。議長の元へ連れて行くと審議はライノクリーチャーで行うと言われ戦うことになって…
23『助っ人登場！ロイヤル・ドラゴン チャッピー』
23『助っ人登場！ロイヤル・ドラゴン チャッピー』
同じく道を別れた、コールは自分の本能と正しい選択を信じて進み続け、ついにバンゲリス王の正体がスカルキングだということを突き止める…
24『どこまで落ちる？ダメダメのどん底へ』
24『どこまで落ちる？ダメダメのどん底へ』
今までのエピソードの中で一番奇妙な冒険で、コール、バニア姫、ウー先生は永遠に落ちるどん底へと落ちていき、グラニティ王国の奥深いところへたどり着く…
