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在海軍罪案調查處總部爆炸案之後，吉布斯開始追捕哈珀德林，最終將他繩之以法。

海軍基地爆炸案發生四個月後，海軍罪案調查處的一名軍械庫員工離奇死亡，海軍罪案調查處團隊開始調查其死因。與此同時，上面要求整個團隊進行強制心理評估，這讓吉布斯十分擔心艾碧。

休病假期間，達奇決定重新開始調查12年前的一宗案件，他要求對一位海軍中校的屍體開棺驗屍。與此同時，海軍罪案調查處團隊還對一名海軍陸戰隊隊員的死亡開展了調查，這一案件可能與達奇的舊案有著千絲萬縷的聯繫。

一架墜毀的直升機出現在海邊，海軍罪案調查處團隊需要找出墜毀原因，並找到失蹤的飛行員。與此同時，姬瓦與東尼和米基打了個賭。

一名軍務長在一個億萬富翁的法拉利中被謀殺。調查期間，海軍罪案調查處團隊發現了與吉布斯同名同姓的人。

一位海軍中尉剛從中東回到家就被殘忍殺害，海軍罪案調查處團隊開始調查這一案件。

吉布斯繼續與罹患創傷後壓力症的海軍陸戰隊上校合作，設法調查和抓捕一名恐怖分子。

海軍罪案調查處團隊對一名少女的綁架案開展調查，姬瓦和艾碧一起保護目睹了整個綁架過程的少女好友，而吉布斯則從一位老熟人那裡獲取了資訊。

福奈爾變成了槍擊案件的目標，於是吉布斯與福奈爾聯手開始調查，但卻意外發現他們的前妻黛安斯特林與本案有關。與此同時，黛安在米基家過夜之後，關於他們的流言開始在整個團隊中散佈。

迪諾佐一家正在慶祝聖誕。這時，東尼的父親突然造訪。與此同時，海軍罪案調查處團隊根據現金這一線索，設法揭開一宗謀殺案的謎團。

一名記者被殺後，海軍罪案調查處團隊對這位記者和一名海軍軍務長之間的聯繫開展調查。姬瓦的父親在闊別兩年多後忽然造訪，這讓姬瓦感觸良多。

在犯罪分子襲擊了團隊成員的家之後，海軍罪案調查處團隊團結一心，決心找出答案，將兇手繩之以法，誓死保護自己的團隊成員。

在調查一位海軍陸戰隊隊員的車禍時，海軍罪案調查處團隊發現了一些線索，這讓艾碧回憶起她在接手自己第一個“案件”時不愉快的往事。

海軍罪案調查處處長凡斯的妻子被殺後，他在休假時意外發現一些個人資訊，這讓他開始懷疑周遭的一切。

海軍罪案調查處團隊與一位名聲大噪的駭客合作，這位駭客可能是追捕一名全球通緝網路恐怖分子的關鍵所在。

從罪案現場運走屍體時，達奇和吉米忽然失蹤，海軍罪案調查處團隊開始搜尋他們。

媒體蜂擁而至，對一宗未辨明死者身分的罪案大肆報導。這讓吉布斯的髮型師懷疑自己的兒子是否涉案，並請吉布斯幫忙排除他兒子作為頭號嫌疑人的可能性。

一名擅長K-9炸彈排查的海軍陸戰隊隊員最近離奇死於阿富汗，於是他的妻子要求海軍罪案調查處團隊對這一案件開展調查。與此同時，處長凡斯正在尋找合適的保姆，他請團隊在這方面幫幫忙。

海面刮起了風暴，於是海軍罪案調查處團隊登上了北方號軍艦。在這個罪案現場中，每個人都有可能是嫌疑人，而天災並不是唯一的“兇手”。

一名海軍預備役隊員回到家中，發現她的丈夫失蹤了，而客廳裡血流滿地，於是她尋求海軍罪案調查處團隊的幫助。與此同時，東尼懷疑姬瓦正在計畫為她的父親報仇，而這個計畫異常危險。

海軍罪案調查處團隊在維也納調查一名摩薩德軍官的謀殺案件，而東尼和姬瓦則前往柏林追蹤殺害姬瓦父親的兇手。

為了調查艾利大衛和潔姬凡斯的謀殺，海軍罪案調查處團隊不顧國土安全部停止調查案件的命令，繼續追查博多納爾。

海軍罪案調查處團隊對博多納爾殺害姬瓦的父親和凡斯的妻子這一案件給出了回復，但國防部的一名調查員仍不依不饒地繼續調查。與此同時，一名軍務長聲稱有人跟蹤自己，而海軍罪案調查處團隊需要調查並判斷他只是疑心過重，還是整個案件與國家安全有關。

在第10季的大結局中，由於吉布斯和整個團隊對殺害姬瓦父親和凡斯妻子的兇手展開了全球範圍內的追捕，導致聯邦調查局質疑他們非傳統的抓捕方式，讓整個團隊和吉布斯本人的職業生涯都陷入了危機之中。