Pendant que Wilford met l'accent sur sa règle, le train pirate de Layton poursuit sa dangereuse quête.

Layton part en chasse et Wilford s'efforce de remonter le moral des troupes. La résistance découvre une menace.

C'est un jeu du chat et de la souris où Layton et Wilford se disputent le pouvoir.

Alex s'occupe enfin de ses figures parentales alors qu'un obstacle sur la voie ferrée dévoile un passé douloureux.

Une série d'attaques terroristes menace de faire dérailler le grand jour de Layton et Zarah.

Layton doit affronter ses décisions passées avant d'effectuer un choix irréversible.

Alors que le train est aux prises avec le statut de Layton, celui-ci découvre que certains rêves ne valent pas la peine d'être réalisés.

Alors que le train fait un détour par New Eden, une catastrophe écologique menace tous les passagers.

Retrouvant de vieux amis, les habitants du train organisent une fête, mais les alliances sont mises à l'épreuve.

Tout se joue alors que de vieux adversaires s'affrontent et que New Eden est dans la balance.