SciFi Carter lance une opération de secours pour retrouver l'équipe enfouie sous les décombres de la base de Michael. Pendant ce temps, celui-ci apprenant que sa base s'est auto-détruite, se rend sur place avec un vaisseau ruche et envoie ses hybrides pour capturer les survivants. Cependant, l'arrivée du Dédale pourrait bien nuire à son plan.

SciFi Le docteur Keller est victime d'une maladie contractée durant le sauvetage des survivants (voir épisode précédent). Parallèlement, avec les informations collectées dans la base de Michael, le sérum dont avait besoin Carson pour survivre est resynthétisé et ce dernier est libéré de sa stase.

SciFi En pleine mission Ronon est fait prisonnier par un ancien membre de son peuple qui le livre aux Wraiths, il est alors torturé et sous l'effet d'une enzyme qui le fait agir contre Atlantis. Mais l'équipe de Sheppard veut tout tenter pour le récupérer...

SciFi Dans l'orbite d'Atlantis, un vaisseau en tout point identique au Dédale, mais totalement abandonné, apparait inexplicablement. Sheppard et le reste de son équipe mènent l'enquête sur cet étrange phénomène, mais après être montés à bord, un pic d'énergie se produit. En analysant les instruments de bords, Rodney remarque vite que la cité d'Atlantis a disparu, alors que le vaisseau n'a pas ...

SciFi Un groupe survivant d'Asuran tente de faire l'ascension entraînant quelques problèmes et le Dr Weir utilise Fran pour communiquer avec Atlantis.

SciFi Rodney McKay perd très rapidement la mémoire et retourne à un état enfantin. Son état a été diagnostiqué trop tard pour le soigner mais Ronon pourrait bien avoir la réponse qui le sauvera.

SciFi Sheppard et le docteur Beckett rejoignent une équipe d'exploration composée uniquement de femmes qui a découvert un laboratoire Wraith.

SciFi Afin de répandre le rétrovirus du docteur Keller sur les Wraiths, Todd demande à Teyla de se faire passer pour la reine de l'Alliance Wraith.

SciFi L'équipe se rend sur un monde récemment visité par les Wraiths, mais ils doivent rapidement secourir le Dr Keller qui s'est fait kidnapper par un "runner" : la proie des Wraiths.

SciFi Daniel Jackson revient sur Atlantis pour faire quelques recherches sur Janus, un scientifique Ancien qui pourrait avoir crée une arme capable de détruire les Wraiths.

SciFi Mckay et Daniel Jackson se retrouvent dans un entrepôt appartenant à Janus. Là, ils ont fait la rencontre d'un Asgard qui a pour but d'éliminer les Wraiths de la galaxie. Ce dernier active l'arme de Janus malgré les oppositions de Daniel. L'Asgard sait que son espèce se meurt, et estime qu'ils ne leur restent pas assez de temps pour travailler sur une autre option.

SciFi Sheppard et son équipe doivent évacuer des survivants de l'empoisonnement à la drogue Hoffan avant qu'ils ne soient exterminés par les Wraiths.

SciFi L'équipe de Sheppard part négocier avec une coalition de peuples humains de la galaxie de Pégase. En vérité, ce n'était qu'un prétexte pour attirer les terriens à leur propre procès. Ils sont notamment accusés d'avoir "créé" Michael et doivent s'expliquer sur la drogue Hoffan qui a fait des ravages sur de nombreux mondes. Woolsey doit se rendre lui-même sur la planète afin de négocier.

SciFi Michael et ses hybrides ont réussi à s'emparer de la salle de contrôle d'Atlantis, ce dernier active un champ de protection empêchant quiconque d'atteindre la salle de la porte des étoiles. Il souhaite à tout prix récupérer le bébé de Teyla avant d'enclencher l'autodestruction de la cité.

SciFi Sheppard a été enlevé et Woolsey fait la connaissance d'une mystérieuse docteur Conrad, l'expédition fait une découverte choquante sur la nature d'une ancienne race ayant vécue sur cette planète.

SciFi Rodney Mc Kay est invité à une présentation scientifique de grande importance qu'effectue son rival à l'époque où il était encore étudiant. Accompagné du docteur Jennifer Keller qu'il fait passer pour sa petite amie, McKay se rend sur Terre pour assister à la présentation de son rival. Mais les choses ne se passent pas comme prévues une fois arrivée.

SciFi Le rétrovirus proposé par le Dr Keller à Todd, entraîne de graves effets secondaires aux Wraiths qui meurent un par un, Todd contaminé se met en stase afin de stopper l'infection, et fait dirigé son vaisseau ruche vers Atlantis pour requérir l'aide des humains.

SciFi Jennifer Keller est contrôlée par une conscience alien, une femme rusée et manipulatrice répondant au nom de Neeva. L'équipe découvre que Neeva et Keller ont échangé de corps, utilisant une technologie cachée sur un autre monde.

SciFi Quand un autre corps est découvert dans le désert bordant la ville de Las Vegas, l'enquête est confiée au détective John Sheppard. Malgré sa longue expérience de ce genre d'affaires, Sheppard éprouve des difficultés pour résoudre cette affaire, étant confronté à un nouveau type de meurtrier : un Wraith !

SciFi Todd contacte Atlantis pour leur révéler qu'un Wraith subalterne a réussi à obtenir plusieurs EPPZ et qu'il les a utilisés pour alimenter un formidable nouveau vaisseau ruche. Il presse alors Woolsey d'attaquer et détruire ce vaisseau avant qu'il ne devienne une menace. Mais ce nouveau vaisseau prouve qu'il est un très puissant adversaire, paralysant le Dédale avant de faire un soudain e...