Il preside Hata sfida il prof. Ginpachi a far ottenere a tutti gli studenti un punteggio superiore a 80 in un test, altrimenti la classe dovrà seguire lezioni di recupero e Ginpachi subirà una riduzione dello stipendio. Il prof. e i suoi studenti decidono così di mettere in atto un piano per imbrogliare.

Come al solito, Ginpachi si dirige verso l'aula, solo per scoprire che i suoi studenti della classe 3-Z si sono misteriosamente trasformati in bambini delle elementari!

Un tempo scoppiò l'incidente noto come "La ribellione degli adesivi". Si trattava di un'estorsione mascherata: venivano venduti con la forza degli adesivi con la scritta "Super Cattivo", e chi si rifiutava rischiava di essere menato! Anche tra gli studenti del liceo Gintama c'erano state delle vittime. Proprio in quel periodo, tornò a scuola Takasugi, il teppista più temuto della scuola.

A notte fonda, Shinpachi torna a scuola per recuperare qualcosa che ha dimenticato e incontra Kagura e Ginpachi. Shinpachi ricorda i "Sette misteri". Ginpachi ride, ma improvvisamente una voce misteriosa riecheggia dalla stanza vuota.

I responsabili di una rapina in banca sono ancora in fuga. Sono già passate ormai due settimane, ma continuano a essere irreperibili. Sui tre sospettati, è stata posta una taglia di un milione di yen. Ebbene, sembra proprio che i sospetti si stiano nascondendo nella sala caldaie del liceo Gintama.

Shinpachi e Otae si devono trasferire per andare a vivere con una zia. Sorpreso dalla notizia, Shinpachi lo racconta ai suoi compagni di classe, ma nessuno appare particolarmente triste. Nel suo ultimo giorno di scuola, preso dalla nostalgia, Shinpachi non si aspetta nulla di speciale… ma tutto può accadere al liceo Gintama.

È stato deciso di fare le grandi pulizie. Ginpachi, con il solito piglio, inzia a dare istruzioni e a stabilire le mansioni: passare la cera sul pavimento dell'aula, pulire i bagni, estirpare l'erba dal campo, e così via. Mentre gli studenti si danno da fare con entusiasmo, Sadaharu trova qualcosa sepolto nel terreno.

Il gruppo della 3a Z è arrivato a Kyoto per un viaggio di istruzione. Mentre gli studenti si divertono e fanno festa, Hijikata, il vicepresidente del comitato disciplinare, osserva tutti con un'espressione severa. l comitato disciplinare ha infatti la responsabilità di garantire la sicurezza degli studenti durante il viaggio.

Per il festival scolastico abbiamo deciso di girare un film. La protagonista è Tama. Yamazaki, che prova dei sentimenti per lei, ha partecipato alle audizioni per ricoprire il ruolo del suo partner. Tuttavia, il risultato è stato un fallimento... forse perché è troppo insignificante.

Gli episodi di "Bontan Hunter" si diffondono tra i delinquenti, con il gruppo di Takasugi sospettato ma probabilmente non coinvolto. Per evitare conflitti più ampi, Hijikata decide di sorvegliarli. Sorprendentemente, Shinpachi diventa la spia e cerca di infiltrarsi nella banda di Takasugi.

Uno scontro accende una faida tra il Liceo Gintama e l'Istituto Yato. Non sopportando le lotte inutili, Kamui li sfida a una guerra. Guidato da Takasugi e Kamui, lo scontro ha inizio: i cinque del Liceo Gintama e i cento dell'istituto Yato daranno vita a una battaglia alimentata dall'orgoglio.

Otto anni dopo il diploma al liceo Gintama, Shinpachi lavora in un ristorante di una nota catena e viene spesso rimproverato. Trovando il suo album del liceo, viene colto dalla nostalgia e organizza una rimpatriata, durante la quale i vecchi amici si ritrovano in un Izakaya per raccontarsi cosa è successo nelle loro vite.