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In un episodio che propone il punto di vista diverso di ciascun personaggio sugli stessi eventi, Weaver ritorna al pronto soccorso dopo tre settimane di congedo autoimposto…

Carter è travolto dal numero di reduci di un tumulto in un concerto rock. L'ex fidanzata di Benton muore in un incidente. Neopromossa a specializzando capo, Chen, tesa, sbaglia una diagnosi.

La figlia di Greene va a convivere con lui e Corday. Carter e Abby diventano più intimi. Chen deve dimostrare la sua competenza nel salvare un neonato.

In città arriva la Dott.ssa Susan Lewis, nuovamente alla ricerca di lavoro nell'area di Chicago. Greene la assume, nonostante l'obiezione di Weaver.

Lewis affronta un frenetico primo giorno di ritorno al County General. Benton e Roger sono agitati non riuscendo a trovare Reese. La nonna di Carter viene portata al pronto soccorso.

I problemi di Corday, provocati dalla recente morte da infezione di numerosi suoi pazienti, peggiorano quando viene osservata attentamente da un severo supervisore.

Corday, implicata nella morte di alcuni suoi pazienti anziani, è alla disperata ricerca del vero assassino. Oltre a Corday, Greene deve far fronte a una ribelle Rachel nei guai a scuola.

Quando una tempesta torrenziale colpisce Chicago, i pazienti allagano il pronto soccorso, mentre Weaver si affretta per la raggiungere la scena di un incidente.

Benton e il suo avvocato, Janice Prager (guest star ricorrente ROMA MAFFIA - "Profiler"), avviano l'ardua battaglia in corte per ottenere da Roger la custodia di suo figlio.

È quasi Natale e Benton alterna tra attacchi d'ira e frustrazione quando la causa per la custodia di suo figlio, Reese, raggiunge un punto critico.

Abby festeggia il suo compleanno con alcune sgradite sorprese, tra cui la notizia che Kovac ha in programma di lasciare la città per due mesi per lavorare in Bosnia.

Lewis si scontra con Weaver sulla terapia di un assassino condannato a morte, Mike Kinney, che, ferito, preferisce morire al pronto soccorso invece di essere giustiziato.

Greene e Corday sono terrorizzati quando la loro bambina indifesa viene ammessa al pronto soccorso per un'overdose accidentale.

Greene e Corday, con una figlia ancora in pericolo di morte, litigano dopo che Corday ordina a Rachel di andarsene di casa.

I problemi di salute di Greene riaffiorano. Intanto Corday, arrabbiata con Greene per come ha risolto con Rachel dopo l'overdose della neonata, vive in una camera d'albergo con la bambina.

Una dominatrice, Medusa, inavvertitamente lascia una borsa con sex toy nel pronto soccorso, provocando comportamenti inappropriati ma divertenti tra il personale esausto per il lavoro…

Lavorare insieme nel pronto soccorso è imbarazzante per Corday e Greene, che vivono ancora separati. Corday sospetta che Greene sia coinvolto romanticamente con Lewis.

Per tentare di distrarsi dal peggioramento del suo tumore cerebrale lavorando di più, riluttante, Greene si rende conto che questa malattia debilitante sta compromettendo le sue capacità.

Sconvolta dalla traumatica richiesta telefonica di aiuto ricevuta dalla nipote di 6 anni, Lewis parte velocemente da Chicago per recarsi a New York alla ricerca della bambina.

Carter legge la lettera di Greene al personale del pronto soccorso, mentre un senzatetto malato terminale, Al Ervin (PAUL BENJAMIN), continua a richiedere l'aiuto del collega malato.

Alla fine dei suoi giorni, Greene porta, insieme a Corday, una riluttante Rachel (guest star ricorrente HALLEE HIRSH) alla casa della sua infanzia nelle Hawaii.

Nel finale della stagione, i medici specializzandi temono il diffondersi di un'epidemia.