I seriens første episode kolliderer Mason Kane og Nadia Sinh - toppagenter i den uavhengige spionorganisasjonen Citadell - med et kriminelt nytt syndikat - Mantikora - som fører til en katastrofe. Åtte år senere lever Mason Kane et rolig liv som “Kyle Conroy”, uten minner om fortida. Til en gammel kollega en dag vil ha hans hjelp til å stanse et nå mektig Mantikora i å skape en ny verdensorden.

Kyle og Bernard drar til New York for å stjele Citadell X-kofferten fra Mantikoras hovedkvarter før det er for sent. Senere får Kyle vite at en figur fra fortida hans fortsatt er i live, og han risikerer alt for å finne vedkommende.

Når Kyle og Nadia ender opp i et gammelt skjulested, begynner små hint om fortida deres sammen å boble til overflaten. Snart oppdager de at en tidligere alliert som kan være viktig for å stanse Mantikora, holdes fanget i en anlegg i Marokko. For å redde ham må de først be om en lokal mafiaboss om hjelp. Men oppdraget deres mislykkes idet hemmeligheter om fortida avdekkes.

Etter den sjokkerende avsløringen om Abbys tidligere identitet lærer vi om den tidligere relasjonen mellom Mason, Nadia og Celeste, og et fryktelig valg som har konsekvenser den dag i dag. I mellomtida ankommer Nadia og Kyle Mantikora-anlegget i Marokko, og risikerer livet for å frigjøre medspionen sin. Men deres helts velkomst varer ikke lenge, idet de tvinges til å håndtere en farlig anklage.

Nadia, Kyle og Carter tvinges til å samarbeide for å flykte fra Mantikora og beskytte X-kofferten, men en av heltenes mistanke når kokepunktet, som fører til et eksplosivt oppgjør.

I den storslåtte sesongavslutningen, med en av sine egne holdt som gissel av Mantikora, risikerer Kyle, Nadia og Carter alt for å redde dem og hindre Mantikora i å anskaffe atomvåpen. Idet heltene kjemper med atomtrusselen, blir identiteten til muldvarpen i Citadell avslørt, i likhet med den grufulle sannheten at alt de kjenner, er løgn.