La città di Neo Tokyo-3 viene attaccata dagli "Angeli". Shinji Ikari viene selezionato come pilota dell'Arma da Battaglia Decisiva Umanoide Multifunzione Evangelion, l'unico mezzo a disposizione degli uomini per opporsi a questi esseri straordinari. La battaglia per il destino dell'umanità ha inizio. Qual è la vera natura degli Angeli? E quali saranno i destini dei ragazzi e del genere umano?