Het is veertien jaar na de 'Derde Impact'. De Angels vallen nog steeds de mensheid aan. Shinji Ikari is gered van het Evangelion Unit-01 en merkt dat de wereld niet ten goede is veranderd. Alles ligt in puin, zijn voormalige bondgenoten van NERV zijn hem vijandig en Rei Ayanami, het meisje waar Shinji alles voor heeft geriskeerd, is nergens te vinden.
