Nach den Ereignissen der ersten Staffel tauchen Mason, Nadia und Bernard in ganz Europa unter. Während Mason mit Identitätsproblemen zu kämpfen hat und Nadia mit ihrer Tochter vor der Attentäterin Aparna flieht, verbündet sich Bernard mit dem ehemaligen CIA-Agenten Hutch, um Paulo Braga aufzuhalten. Als Nadia Frank Sharpe trifft, kommt ein Geheimnis ans Licht.

Abbys Flucht löst eine tödliche Kette von Ereignissen aus, während Mason gegen Manticore-Killer kämpft. Paulo und Joana setzen die Entwicklung ihrer Waffe fort und verfolgen Mason. Bernard und Hutch versuchen, die Gruppe wieder zu vereinen. Nach einem heftigen Kampf mit Nadia sucht Mason Hilfe bei einer alten Feindin und deckt Bernards dunkles Geheimnis auf.

Während Paulos Plan immer mehr Fahrt aufnimmt, müssen Mason und Nadia eine ungewollte Allianz eingehen. Gemeinsam mit Bernard, Hutch, Celine und Frank Sharpe starten sie eine gewagte Mission, um die Identität eines mysteriösen Hackers aufzudecken, der eine globale Katastrophe verhindern könnte.

Nachdem sie Edisons wahre Identität aufgedeckt haben, macht sich das Team auf den Weg zu einer hochkarätigen Gala, auf der ihre Zielperson erwartet wird. Doch als die Spannungen zwischen Mason und Nadia ihren Höhepunkt erreichen und Feinde ihnen auf die Spur kommen, droht eine nicht abgesprochene Entscheidung, die gesamte Mission zum Scheitern zu verurteilen.

Mason und Dahlia setzen einen riskanten Gefangenenaustausch in Gang, um über Abbys Freilassung zu verhandeln. Doch Masons Entgleisung droht, den Plan zu gefährden. Beide Seiten bemühen sich, den Austausch durchzuführen, doch als Abby etwas Schreckliches enthüllt, wird alles auf den Kopf gestellt.

Während Joana ihren Plan zur Ermordung des russischen Präsidenten beim G8-Gipfel vorantreibt, bringen Mason und Nadia Abby zu einem sicheren Unterschlupf in Schottland. Als sie jedoch die schreckliche Wahrheit darüber aufdecken, was Abby angetan wurde, wird eine verheerende Kette von Ereignissen ausgelöst.

Die Citadel-Agenten versuchen verzweifelt, Joanas Attentat auf Präsiden Aronov beim G8-Gipfel zu verhindern, wo sie die Kontrolle über die russischen Satelliten an sich reißen will. Das Team muss eine gefährliche Infiltration durchführen und beim finalen Showdown unmögliche und tödliche Entscheidungen treffen.