연쇄 폭발 사건이 고담시를 뒤흔든다. 배트맨은 경쟁 관계인 범죄 조직 보스 루퍼트 쏜과 펭귄의 싸움에 말려들어 난감한 처지에 놓인다. 한편 고든 경찰국장과 그의 딸 바버라는 고담시의 부패한 사법 제도를 내부에서부터 고쳐 나갈 방법을 모색한다.

유명 영화 배우가 사라지고, 배트맨과 몬토야 형사는 영화 촬영장을 맴도는 어둡고 신비로운 복수의 거미줄에 두 사람도 얽혀 있다는 것을 깨닫는다.

백만장자 아버지가 감옥에 갇히자 화려하고 짜릿한 삶을 즐기던 셀리나 카일은 대담한 캣우먼으로 변신해 불법과 범죄의 길로 빠져든다. 배트맨은 캣우먼의 범죄 행각을 막기 위한 계획을 세우지만, 2명의 부패 경찰은 그녀를 완전히 끝장낼 기회를 노린다.

제섭 시장은 배트맨의 검거를 위한 전담반을 결성하고 몬토야 형사가 전담반의 지휘를 맡는다. 배트맨을 직접 잡기로 한 플래스와 불럭 형사는 고담시를 큰 위험에 빠뜨린다.

누군가가 고담시의 재력가를 납치해 세뇌를 시키자 배트맨은 누가, 왜 그런 짓을 벌이는지 알아내기로 한다. 바버라 고든은 자신의 친구가 납치에 관련됐다고 의심하고, 결국 수사 중 어둠의 기사와 맞닥뜨린다.

고담시에서 연쇄 절도 사건이 벌어지고 배트맨은 범인이 저승에서 왔다고 의심한다. 한편 통 큰 선거 운동 기부금이 부도덕한 뒷돈이라는 소문이 돌면서 하비 덴트의 도덕성이 시험대에 오른다.

고든 경찰국장에 대한 암살 시도가 실패로 끝나자 몬토야는 최선을 다해 고든을 보호할 것을 맹세한다. 암살의 배후자를 추적하는 배트맨은 점점 미궁으로 빠져들고, 한 가지 사실만이 분명해진다. 그것은 바로 아무도 믿지 말라는 것.

하비 덴트의 선거 운동 행사장에서 아이들이 실종되고, 배트맨이 선거 운동을 주최한 마을 카니발을 파헤치자 상상도 못 했던 사악한 진실이 드러난다.

하비 덴트의 사고 후 배트맨과 브루스 웨인은 잘못된 정의를 실현하고자 하는 지방 검사 하비 덴트를 막기로 결심한다.

첫 시즌 피날레에서 바버라 고든과 배트맨은 하비 덴트가 법정에서 진술할 수 있도록 하비를 안전하게 지켜 주려고 하지만, 결국 고담시의 영웅과 악당 사이에서 전쟁이 벌어진다.