BAKUMATSU

Um mês depois de derrotarem Mugensai, Takasugi e Katsura voltam para Quioto mas descobrem que pouca coisa mudou e que ainda há um Mugensai dando às ordens.

Diversas luzes fantasmas são avistadas por Quioto e causam estranhamento a todos. Mas o que mais chama a atenção de nossos protagonistas é que elas podem estar ligadas ao cronômetro.

Em busca de fatos estranhos que possam ter relação ao cronômetro, os protagonistas chegam a um vilarejo onde um "fantasma" mata moradores.

Soji em seu desejo de reencontrar Hijikata, acaba viajando para o Shinsengumi de outro mundo.

As agentes especiais de Tokugawa, Hyo e Kasumi voltamn para Yoshinobu e os outros cheias de energia depois de terminar uma missão de reconhecimento no castelo Susano-o. O imperador nota o interesse das garotas por Konpeito e resolve fazer uma surpresa, enquanto é seguido por um dos generais do Susano-o.

Katsura começa a investigar a localização do cronômetro sozinho, já que a presença dele não é sentida há algum tempo. Takasugi percebe que há algo errado com Katsura e se confessa a Ryoma. Enquanto Takasugi busca o cronômetro para corrigir a linha temporal, Ryoma se questiona se é a atitude correta a se tomar. Um fenômeno estranho acontece e toda a cidade se encontra parada!

Seimei viaja no tempo com Takasugi para descobrir a origem do cronômetro.

Yoshinobu deseja alcançar a paz através de um acordo com Kondo. No entanto, isso não está no interesse imediato de Mugensai.

Enquanto o Shinsengumi busca o cronômetro, Kondo descobre a verdadeira identidade de seu mestre e está disposto a confrontá-lo.

Katsura e Takasugi brigam enquanto rumam em direção ao castelo Susano-o. Lá dentro, encontram uma ajuda inesperada.

O Castelo Susano-o é transportado para o passado com todos que estavam lá dentro. No entanto, isso não vai impedir os planos de Mugensai.

Takasugi e companhia precisam lutar contra o grande deus Susano-o e fazer o possível para salvar Hijikata e voltar ao seu tempo normal.