Emily está cumpliendo los últimos días de su suspensión del FBI mientras lucha por aceptar las consecuencias de sus acciones en las últimas dos temporadas. Alerta y desconfiada de los demás, Emily ve amenazas en todos lados y observa de cerca a todos.

Después de algunos eventos mortales, Emily debe competir contra el tiempo para encontrar y salvar a Nick con la ayuda de su misterioso informante, Kai. Después de rastrear su ubicación, Emily se da cuenta de que hay una conspiración más compleja y se encuentra con la posibilidad de que Nick haya sido asesinado.

Nick, desorientado y drogado en un estado paralítico, se despierta en un lugar oscuro y confinado. Mientras tanto, sin un cuerpo como prueba, Emily se niega a aceptar que Nick esté muerto y hace un trato para recuperarlo, solo para descubrir que Dawkins ha tendido una trampa y todos están en peligro.

Cuando Emily exige que el FBI busque a Nick, encuentra resistencia, lo que la lleva a poner en marcha un arriesgado plan que la pone cara a cara con el único hombre que puede llevarla a Nick. Mientras tanto, en algún lugar de Europa, Nick es drogado y psicológicamente torturado, revelando su culpa e inseguridades como agente del FBI, esposo y padre.

Emily cumple con las peticiones de Dawkins para que la lleven con Nick, y organiza una astuta treta en el camino. Mientras tanto, la culpa y la paranoia de Nick están a punto de abrumarlo, finalmente le pone un fin a los traumas personales que lo han acechado.

Nick sigue siendo torturado, pero encuentra la oportunidad de escapar de sus captores. Cal y Emily se dirigen a rescatar a Nick y se vuelven más cercanos en el camino. Cuando llegan a la misteriosa ubicación, encuentran evidencia que se vincula al caso de Nick en Boston, pero no hay señales de Nick.

Emily hace un último intento de intercambiar a Nick por los archivos robados y exige pruebas de que está vivo, sin saber que Nick ha escapado de sus captores en una emocionante persecución. Nick se pone en contacto con el FBI, y Emily toma la audaz decisión de confrontar a Cal sobre su pasado.

Emily y Nick idean un plan para infiltrarse en el campo de refugiados, y Cal se hace pasar por un guardia del Meridiano con la esperanza de encontrar a Armstrong y llevarlo ante la justicia. Mientras tanto, Crown y Gunnarsen se acercan al informante del Meridiano y un visitante inesperado llega a la granja.

Nick intenta liberar a los refugiados y Cal finalmente se enfrenta a Armstrong. Cuando Gunnarsen y Crown van a arrestar al Director Adjunto Webb, descubren algo mortal. Mientras tanto, Emily intenta llegar al fondo de la operación de Elliot y hace todo lo posible para proteger a su familia.

Emily y Nick finalmente se reencuentran con Flynn en Boston, pero la amenaza del arma biológica de Elliot sigue siendo grande. Emily recurre a medidas drásticas y toma una peligrosa decisión para garantizar la seguridad de su familia.