Es el segundo año del Periodo Kowa. El mundo se ha unificado en torno a la reorganización de la Federación Unida de Naciones, y ha disfrutado de días de paz continua, pero ahora, esa paz llega a su fin. Suzaku es derrotado por un misterioso Knightmare Frame. Kallen, Lloyd y Sayoko se infiltran en Zilkistán, la Tierra de los Guerreros, donde son atacados por un misterioso usuario de Geass.
