Megaton Musashi

Yamato wird nach einer Prügelei eingesperrt. Teru taucht auf und schlägt ihm einen Deal vor. Als Gegenleistung dafür, dass er ihn rausholt, soll er einen Job für ihn annehmen. Yamato und sein Rivale Ryugo machen sich auf den Weg zum Treffpunkt, werden aber von Terus Schlägern attackiert. Als sie die Schlägerei gewinnen, bringt Teru sie in den Untergrund, wo der Schock ihres Lebens auf sie war...

Yamato, Teru und Ryugo steigen in Musashi und verlassen die Zuflucht. Draußen erwartet sie ein erbitterter Kampf gegen die Aliens. Yamato und sein Team stürzen sich ins Getümmel und erringen dank Musashis Fähigkeiten einige Siege. Doch die Aliens verwandeln ihre Kampfmaschinen und drehen den Spieß um.

Arshem ergreift von Asunas Körper Besitz und setzt Yamato nach, um ihn zu töten. Der Versuch scheitert jedoch, da er sie bemerkt. Um ihre Tarnung aufrechtzuerhalten, behauptet sie, dass sie in ihn verliebt sei. Später erfahren Yamato und seine Teamkameraden, dass einer der Piloten ermordet wurde.

Der Austauschschüler Reiji wirkt auf seine Mitschüler unheimlich, weil er seine ganze Zeit mit Katzen zu verbringen scheint. Als er eines Tages eine Katze verfolgt, stolpert er in die Oblivion Bay. Wie von einer geheimnisvollen Macht gelenkt, klettert er in das Cockpit des neuen Rogue. Mit der Katze an Bord aktiviert er den Autopiloten und fliegt aufs Schlachtfeld.

In der Stadt treffen Yamato und Co. auf eine Gang aus Ryugos Vergangenheit. Sie folgen der Gang in ihr Versteck und sind sie überrascht, wer sich als der Boss der Gang herausstellt. Es kommt zu einer Schlägerei, die durch Reiji unterbrochen wird. Yamato und Co. erhalten den Befehl, sich in der Basis zu melden. Sie ziehen an der Seite von Reiji in die Schlacht und kämpfen zum ersten Mal gemein...

Bei einem Treffen der Befehlshabenden erklärt Sayaka den Plan, Ixia an die Oberfläche zu bringen und das legendäre Sanctuary anzusteuern. Aber um das Ziel zu erreichen, ist ein ausgeklügeltes Betriebssystem nötig. Schließlich werden sie von Takumi und Kota entdeckt, die sich nach Oblivion Bay geschlichen haben, um sich die neuen Rogues anzusehen.

Von ihrer Alien-Besessenheit befreit, erzählt Asuna Yamato und Co. alles, was sie weiß. Sie suchen nach dem Hotel, das den Aliens als Versteck dient. Kota ist total durchnässt, weil er einen Welpen vorm Ertrinken gerettet hat. Momoka kann ihn nicht einfach so zurücklassen und nimmt ihn mit zu sich nach Hause. Als Kota ihr seine Geschichte erzählt, taucht ein Agent auf und versperrt ihnen den ...

Yamato und Co. schaffen es, Sarzant in die Enge zu treiben, der von Soji Besitz ergriffen hatte, doch dieser entkommt in letzter Sekunde. Kiyoka wird Zeugin der Konfrontation. Yamato belügt sie und behauptet, dass Soji seinen Rat wegen eines Stalkers wollte. Und dann sind da noch Jun und Momoka, die als Piloten zu Partnern werden. Zwischen ihnen werden die Funken fliegen!

Yamato und seine Freunde kämpfen gegen unbekannte, gepanzerte Aliens in ihren Maschinen. Umgeben von einem elektromagnetischen Zaun wird Musashi immer wieder angegriffen. Die Angriffe führen dazu, dass Ryugo sich an seine echte Mutter erinnert. Als es um alles oder nichts geht, lernt Yamato von einer unerwarteten Person, wie man mit dem Dark Hunter fertigwerden kann.

In Oblivion Bay laufen die Vorbereitungen für den Start von Ixia von der Oberfläche auf Hochtouren. Inmitten all dieser Aktivitäten erinnert sich Teru an den Tag der Zerstörung. Nachdem er seine Eltern verloren hatte, wurde er von einem Alien gerettet. Yamato trifft sich mit Arshem, um zu erfahren, warum die Aliens die Erde angegriffen haben und wie sie darüber denkt.

Alle Rogues werden mobilisiert, um einen Angriff einer Horde von Draktor abzuwehren. Yamato und Arshem ziehen ebenfalls mit Musashi in die Schlacht. Die Piloten kämpfen erbittert gegen die Außerirdischen, um Ixia mehr Zeit für den Startplan zu verschaffen. Dann taucht Bürgermeister Takekuma in Landauge auf ...

Während der Schock über die verblüffenden Enthüllungen ganz Landauge und das Schlachtfeld erschüttert, erhält Teru eine Nachricht von Sayaka und fasst neuen Mut. Der Feind durchbricht ihr Verteidigungsnetz an der Frontlinie, und Ginta befiehlt Jun und Momoka, aus Maximus zu fliehen. Aber Jun ignoriert ihn und stellt sich dem Feind entgegen, um ihn und alle anderen zu schützen.

Ein ganzer Tag ist seit der Schlacht vergangen. Die Gebäudereparaturen in Akagicho sind abgeschlossen und die Erinnerungen der Menschen wurden wiederhergestellt. In Oblivion Bay wurde eine neue Organisationsstruktur eingerichtet. Grieffas, der eingekerkert wurde, nachdem er sich den Befehlen von Königin Crouzade widersetzt hatte, bricht mit seinen vertrauten Kameraden aus dem Gefängnis aus.