Seto Kaiba, divenuto CEO della propria azienda di giochi, lancia una sfida al Faraone Atem, benché questi abbia ormai abbandonato Yugi Muto come suo vascello mortale. Ma una minaccia temibile sopraggiunge a destabilizzare i piani di entrambi: il misterioso Aigami sembra accedere a poteri occulti che provengono da dimensioni sconosciute.