Mobile Suit Gundam Seed Destiny

No ano 72 da Era Cósmica, o Tratado de Junius encerrou a hostilidade entre ZAFT e a Aliança da Terra. O tratado proíbe o uso de armas nucleares e limitam o uso de forças armadas de ambos os lados. No entanto, ainda há tensão entre Coordinators e Naturals, e a paz continua sendo frágil.

Com o ataque ao arsenal 1, Athrun utiliza um mobile suit da ZAFT para levar Cagalli a um local seguro. Os três Gundams roubados lutam contra o ZAKU de Athrun, que é resgatado pelo Impulse Gundam, pilotado por Shinn Asuka da ZAFT.

Shinn e Roanoke têm dificuldades contra Neo Roanoke, o comandante inimigo. Para ajudar os pilotos, a capitã Talia Gladys ordena que a nova nave de combate, Minerva, zarpe do arsenal 1 para se unir ao combate. As forças inimigas recuam e o Minerva persegue.

Minerva segue ao cinturão de detritos que cerca a Terra e envia Shinn e Lunamaria Hawke para perseguir a nave-mãe inimiga. No entanto, Neo fez os pilotos da ZAFT seguirem um chamariz.

A bordo do Minerva, o presidente Durandal recebe as notícias chocantes. As ruínas de Junius Seven, a PLANT destruída no infame Fevereiro Sangrento saiu de sua órbita estável e etra em rota de colisão com a Terra.

O Minerva lança os mobile suits para dar apoio à equipe de demolição de Yzak. Shinn, Rey, Lunamaria e Athrun se unem à batalha contra o grupo misterioso que pôs Junius Seven em rota de colisão com a Terra.

Apesar dos esforços heroicos da tripulação, o Minerva não conseguiu evitar o desastre, e fragmentos de Junius Seven causaram grandes estragos a Terra. O Minerva recuperam Shinn e Athrun na descida à Terra e rumam a Orb para que Cagalli volte a sua nação e para consertar os danos sofridos.

Quando o Minerva chega a Orb, Cagalli retoma suas funções como presidente. O ministro Unato Ema Seiran relata os danos causados pela queda de Junius Seven e pede que a aliança com a Federação Atlântica seja aprovada.

A Federação Atlântica e seus aliados declaram guerra às PLANTs em resposta à queda de Junius Seven. Embora o presidente Durandal ainda queira uma resolução diplomática, a ZAFT é mobilizada para defender as PLANTs.

O presidente Durandal conta para Athrun os detalhes do último ataque das Forças da Terra às PLANTs. Abrindo mão do codinome Alex Dino, Athrun assume sua verdadeira identidade e pede que Durandal não deixe o conflito virar outra guerra.

O conflito continuam aumentando de proporção conforme as Forças da Terra cercam as bases da ZAFT em Gibraltar e Carpentaria, e o Conselho Supremo das PLANTs decide retaliar em defesa. Apesar de suas intenções, Cagalli cede aos ministros e Orb se alia à Federação Atlântica.

A tripulação do Minerva encontra uma frota das Forças da Terra esperando logo além das fronteiras de Orb, e precisa abrir o caminho. Enquanto Rey e Lunamaria defender a nave, Shinn se engaja em um combate aéreo contra os mobile suits das Forças da Terra, mas a situação muda quando o inimigo mobiliza um mobile armor com um escudo refletor de pósitron, capa de resistir ao tannhauser do Minerva.

Graças às proezas em combate do Shinn, o Minerva supera as Forças da Terra. A nave segue rumo à Carpentaria enquanto o governo Orb oficializa a aliança com a Federação Atlântica.

Diante da tentativa de assassinato contra Lacus, Kira e seus amigos percebem que foram alvo do governo das PLANTs. Kira recebe uma carta de Cagalli, em que ela conta que pretende se casar com Yuna e pede que o anel de Athrun seja devolvido.

A bordo do Archangel, Cagalli repreende a tripulação por raptála no meio do casamento. Kira devolve o anel do Athrun a ela e pede que Cagalli se una a eles para uma resposta melhor aos problemas do mundo.

Conforme Minerva navega pelo Oceano Índico, ele chama a atenção de um velho inimigo, Neo Roanoke da força-tarefa de elite Phantom Pain. Neo pede auxílio das Forças da Terra próxima e inicia um combate aéreo contra o Minerva.

Em fuga, o Archangel se esconde debaixo d'água no Reino da Escandinávia, que se mantém neutro. A bordo, Kira e seus amigos ponderam sobre os planos futuros.

Conforme Minerva se aproxima do portão de Lohengrin, Athrun explica o plano de combate aos demais pilotos. Enquanto o Minerva e os soldados da base Mahamul chamam a atenção das Forças da Terra, um piloto atacará o canhão de pósitron por um túnel escondido.

O Minerva continua no Mar Negro e atraca em Diocuia. Recém libertada do controle das Forças da Terra, Diocuia é a última parada da turnê de Meer Campbell para motivar as forças.

Este episódio reconta a história de Shinn. Durante a guerra anterior, Shinn e sua família viviam em paz em Orb, mas mesmo a nação neutra acabou se envolvendo no conflito.

Depois do encontro com o presidente Durandal, os pilotos do Minerva recebem um dia de folga, com direito a quartos privados em um hotel de Durandal, e Athrun recebe uma visita inesperada. Os pilotos também conhecem Heine Westenfluss, um membro da FAITH que foi designado como novo piloto do Minerva.

Cedendo à pressão das Forças da Terra, o governo de Orb aceita entrar em combate contra a ZAFT. Comandados por Yuna Roma Seiran, uma força da Orb vai dar apoio à Phantom Pain de Neo Roanoke.

A batalha entre o Minerva e a frota da Orb é interrompida pelo Freedom de Kira. Cagalli entra em combate e ordena que as forças de Orb parem, mas Neo pressiona Yuna a continuar, sem reconhecer que as ordens vieram da Cagalli de verdade.

Danificado, Minerva recua a um porto do Mar de Mármara para manutenção. Perturbado pelo caos que seus antigos companheiros criaram na luta, Athrun resolve sair do Minerva e buscar o Archangel para falar pessoalmente com Kira.