Aya Asagiri no tiene un sitio propio. Acosada en la escuela y abusada por su hermano en casa, pasa cada día deseando morir. Un día, Aya encuentra un sitio misterioso llamado Sitio web de Chicas Mágicas. El sitio le ofrece a Aya una vara mágica y volverla una chica mágica. La mañana siguiente cuando llega a clases, encuentra una vara en forma de arma en su casillero...

Tsuyuno Yatsumura es otra chica mágica que recibió una vara del Sitio web de Chicas Mágicas. La vara de Tsuyuno puede detener el tiempo. Y la usa para tomar represalia en contra de Sarina Shizukume. Tsuyuno advierte a Aya. Usar la vara acorta la vida, que alguien está matando a las chicas mágicas para obtener sus varas y que alguien se cierne sobre ellas.

La identidad de la Cazadora Mágica que estuvo matando chicas mágicas resulta ser la de una chica mágica llamada Rina Shioi. Rina lo hace para sobrevivir a la "Tempestad" y descubre algunos secretos del sitio, pero queda inconsciente por usar muchas veces su vara. Aya y Tsuyuno buscan una sanadora que despierte a Rina, pero la nueva chica mágica que encuentran es inesperada.

La nueva niña mágica Nijimi Anazawa anhela la muerte de Rina, pero aún Aya y Tsuyuno no tienen idea de cómo despertarla de su coma. A pesar del retraso, la vida de Aya parece mejorar luego de haber conocido a Tsuyuno. Cuando en su clase hay una estudiante de intercambio nueva, resulta ser la misma Nijimi! Aya entra en pánico, pero Tsuyuno no está presente para ayudarla.

Sarina Shizukume es herida y pierde a su mejor amiga, y se convierte en una chica mágica y jura vengarse de Aya. Mientras, Aya busca a Tsuyuno y descubre que está en estado crítico. Atormentada por su pasado, Tsuyuno evita que Aya llame a una ambulancia. Aya descubre el secreto de Tsuyuno, y no puede contener sus lágrimas. Tsuyuno se conmueve con las lágrimas de Aya y busca una resolución.

Aya y Tsuyuno son enviadas inconscientes al hospital tras su batalla mortal con Sarina. Nijimi visita la casa Asagiri y conoce a Kaname tras enterarse de la traición de Aya. Esa noche, una chica aparece ante la inconsciente Rina. Es Kosame Amagai y tiene una vara mágica sanadora. Kosame, con su poder, despierta a Rina, quien se entera de una verdad.

Aya y las demás se enteran de que hay múltiples Sitios de Chicas Mágicas, cada uno con su propio administrador, y que la información que Rina tiene sobre Tempest es falsa. Deciden unir fuerzas con Kosame y chicas mágicas de otro sitio a fin de descubrir la verdad detrás de los sitios y sobrevivir. Pero eso requiere hacer equipo con Nijimi, quien aún quiere la vida de Rina.

El grupo llega a la playa por sugerencia de Aya para descansar, pero Aya en realidad tenía otro motivo detrás del viaje. Aya dice a Tsuyuno cuán agradecida está por todo lo que ella ha hecho, y las dos se hacen una promesa mutua. Pero, al volver a la casa de la playa, descubren que alguien robó la vara de braga de Nijimi.

Quien robó la vara de Nijimi es el hermano de Aya, Kaname. Al no poder decírselo a nadie, Aya visita la casa de Sayuki con Tsuyuno y las demás. Mientras, Kaname pone en marcha un nuevo plan tras aprovecharse de los sentimientos de Nijimi a fin de robarle su vara. Kaname ya ha matado y no dudará en volver a matar. Kaname va hacia Aya para matar a todas las chicas mágicas y robar sus varas.

Nijimi murió protegiendo a sus aliados de Kaname. Aya se culpa y se encierra en su habitación. Sin embargo, Aya ha cambiado desde que conoció a Tsuyuno. Ella va a ser más fuerte. Las palabras de Tsuyuno ayudan a Aya a volver a ponerse de pie. Alguien inesperado la vigila. Una Aya completamente determinada aparece ante sus amigos en el funeral de Nijimi.

El plan de las chicas mágicas es esperar a que un administrador del sitio entregue una varita a una nueva chica mágica para capturarlo, obligarlo a revelar los secretos del sitio y encontrar una forma de sobrevivir. Utilizan sus habilidades al máximo, y finalmente llega el momento. Aya, Tsuyuno y Rina están a la espera en la secundaria de su objetivo cuando aparece el administrador.

Parece que la identidad del administrador es una chica humana. Tsuyuno muere protegiendo a Aya y sus amigas, pero vuelve a la vida como candidata a nueva administradora. Tsuyuno debe matar a Aya para ser administradora oficial. Al haber perdido sus recuerdos, Tsuyuno ataca a Aya con fuerza sobrenatural. "Sé fuerte". Con las últimas palabras de Tsuyuno frescas en su mente, la lucha de Aya comienza.