Pada tanyangan perdana, Mason Kane dan Nadia Sinh - ejen terhebat organisasi perisik bebas Citadel - berhadapan sindiket baru yang jahat - Manticore - menyebabkan malapetaka. Lapan tahun kemudian, Mason Kane hidup dengan aman sebagai "Kyle Conroy", tanpa mengingati sejarahya. Sehinggalah rakan kerja lamanya meminta bantuan untuk menghalang Manticore yang berkuasa dalam menubuhkan dunia baru.

Kyle dan Bernard menjelajah ke Bandar New York untuk mencuri Beg X Citadel daripada Ibu Pejabat Manticore sebelum terlambat. Kemudian, Kyle mengetahui bahawa seseorang daripada kisah silamnya masih hidup dan dia menggadaikan segalanya untuk mencari mereka.

Saat Kyle dan Nadia tiba di rumah selamat lama, petunjuk kecil tentang kehidupan lama mereka bersama mula muncul. Tidak lama kemudian, mereka ketahui bahawa bekas sekutu yang mungkin penting dalam menghalang Manticore telah dipenjarakan di fasiliti di Maghribi. Untuk menyelamatkannya mereka perlu meminta bantuan ketua jenayah tempatan. Tapi misi mereka dalam bahaya apabila rahsia lama terdedah.

Selepas pendedahan mengejut tentang bekas identiti Abby, terbongkarlah hubungan antara Mason, Nadia dan Celeste, dan keputusan yang masih terkesan sehingga kini. Sementara itu, Nadia dan Kyle tiba di kawasan Manticore di Maghribi dan menggadaikan nyawa mereka demi menyelamatkan rakan perisik mereka. Tapi kehadiran wira kita tidak diundang apabila mereka terpaksa mengahadapi tuduhan yang berbahaya.

Nadia, Kyle dan Carter terpaksa berkerjasama untuk melarikan diri daripada Manticore dan melindungi Beg X, tapi kesangsian salah seorang wira kita melampaui batasan, lalu mencetuskan perbalahan.

Dalam pengakhiran yang epik bagi musim ini, dengan salah seorang daripada mereka menjadi tawanan Manticore, Kyle, Nadia dan Carter menggadaikan segalanya untuk menyelamatkan mereka dan menghalang Manticore daripada memperolehi senjata nuklear. Saat wira kita berhadapan ancaman nuklear, identiti pengkhianat dalam Citadel akan didedahkan, termasuklah segala yang mereka ketahui adalah satu penipuan.