Alors qu’une opération de routine sur un enfant révèle un risque de cancer pour la famille, un patient agité crée des problèmes pour le Dr Lim et son équipe.

Le Dr Shaun Murphy et son équipe engagent une course contre la montre pour sauver le bébé d'une femme enceinte et découvrent que c'est une personne coupable d'un crime ce qui complique la situation encore plus qu'ils ne pouvaient l'imaginer. Pendant ce temps, l'hôpital entreprend des changements inattendus auxquels le personnel n'est pas préparé.

Les nouvelles directives de Salen (Rachel Ray Jones) compliquent les choses pour deux patients qui nécessitent des interventions chirurgicales coûteuses. Une invitation inattendue de Shaun (Freddie Highmore) laisse Lea (Paige Spara) aux prises avec leur projet de mariage.

Dr Shaun Murphy et son équipe soignent une jeune fille mais le père de cette dernière a effectué des recherches personnelles et s'oppose au traitement. Pendant ce temps, le patient du Dr Park, du Dr Reznick et du Dr Lim refuse une transplantation pulmonaire vitale malgré le fait d'avoir un donneur familial.

Dr Park et Dr Murphy soignent un vieil homme d'origine asiatique amené à Saint-Bonaventure par sa fille après avoir été victime d'un crime haineux. De son côté Lea agit dans le dos de Shaun pour essayer d'améliorer son image auprès des patients mécontents.

Les docteurs Shaun Murphy et Alex Park doivent prendre une décision de vie ou de mort et décider entre sauver un patient plutôt qu'un autre. Pendant ce temps, le Dr Morgan Reznick va un peu trop loin dans sa tentative de gagner la faveur de Salen.

Shaun et Lea tombent sur un terrible accident de voiture et découvrent Alma, une jeune mère enceinte qui a besoin de soins médicaux immédiats. Glassman est uncertain quand une personne de son passé lui demande de l’aide.

Lim jure de tenir Salen responsable pour l’erreur qui a coûté la vie à un nouveau-né. Un patient s’oppose aux docteurs quand ils veulent repousser une opération pour réparer une opération de chirurgie esthétique ratée. Shaun et Lea ont du mal à maintenir leurs plans pour leur mariage.

Dans l'espoir de plaire à Salen, Andrews s'attaque à un cas très médiatisé et demande à Shaun et Allen de l'aide pour effectuer une intervention chirurgicale risquée pour restaurer la voix d'une célèbre pop star. Par ailleurs, Reznick et Park traitent un homme dont le fils de 17 ans est confiné dans un fauteuil roulant en raison de complications liées au syndrome de Kabuki.

Salen prend des mesures extrêmes quand elle apprend que l’équipe de chirurgie a rejoint les efforts de Lim contre elle; l’équipe traite le receveur d’une greffe de foie à qui le donneur a malencontreusement donné un cancer.

Lim, Glassman et Andrews doivent mettre de côté leurs différends personnels pour sauver un père, une mère et une fille après un accident de voiture. Morgan propose à Andrews un moyen de sauver l'hôpital.

Les problèmes pulmonaires d’une femme révèlent des problèmes inattendus pour elle et son fiancé. Une professeure de faculté doit surmonter un problème médical embarrassant pour atteindre un objectif important dans sa vie.

Shaun se range du côté d'un adolescent dont les expériences biologiques menacent l'usage de son bras. Morgan a du mal à obtenir un accord pour soigner la dépression d'un patient avec une chirurgie cérébrale radicale.

Après que l’équipe de chirurgie est rendue malade par de mystérieuses hallucinations durant un repas d’équipe, Shaun et Glassman se disputent en essayant de rattraper le retard.

Le docteur Andrews soigne un enfant placé en famille d'accueil pour des blessures subies dans son foyer; Shaun et l'équipe font appel à l'expertise de Léa en matière de voitures et de réparation automobile pour aider un patient dont le poumon d'acier s'est cassé; la nièce du patient s'intéresse à Shaun.

Alors que Shaun et Léa vont bientôt se marier, un réalisateur de documentaires a choisi de suivre leur vie pour mettre en valeur les relations et les mariages de couples atypiques.

Sophie emmène Léa pour une journée de préparation de mariage luxueux; après une erreur presque fatale, le Dr Lim sent qu'un problème plus profond se cache derrière le comportement non professionnel de l'infirmière Villanueva.

Shaun et Léa prennent une grande décision concernant leur vie et sont agréablement surpris par le soutien qu'ils reçoivent de leurs amis à l'hôpital. Asher lutte pour accepter que son père et lui ne se comprendront peut-être jamais réellement.