Mason, Nadia en Bernard verstoppen zich verspreid in Europa na de gebeurtenissen in seizoen één. Mason worstelt met identiteitsproblemen en Nadia vlucht met haar dochter voor agent Aparna, terwijl Bernard samenwerkt met ex-CIA-agent Hutch om Paulo Braga te stoppen. Een geheim wordt onthuld als Nadia Frank Sharpe confronteert.

Abby's ontsnapping leidt tot dodelijke gebeurtenissen terwijl Mason tegen Manticore-huurmoordenaars vecht. Paulo en Joana ontwikkelen hun wapen terwijl ze Mason achtervolgen. Bernard en Hutch haasten zich om de groep te herenigen. Na een gewelddadige botsing met Nadia zoekt Mason hulp van een oude vijand en hij ontdekt Bernards duistere geheim.

Terwijl Paulo's plan versnelt, moeten Mason en Nadia ongewild samenwerken. Samen met Bernard, Hutch, Celine en Frank Sharpe zetten ze een gedurfde missie op om de identiteit te ontdekken van een mysterieuze hacker die een wereldwijde catastrofe kan stoppen.

Na Edisons ware identiteit achterhaald te hebben, gaat het team naar een chic gala, waar hun doelwit wordt verwacht. Maar de spanning tussen hen bereikt een kookpunt en een wilde beslissing dreigt de hele missie op z'n kop te zetten.

Mason en Dahlia regelen een belangrijke uitwisseling van gevangenen voor Abby's vrijlating. Maar Masons worsteling dreigt het plan te laten mislukken. De twee kanten haasten zich naar de uitwisseling, maar een onthulling van Abby verandert alles.

Terwijl Joana het plan versnelt om de Russische president te vermoorden bij de G8-top, brengen Mason en Nadia Abby naar een safehouse in Schotland. Maar als ze de vreselijke waarheid ontdekken over wat Abby is overkomen, leidt dat tot rampzalige gebeurtenissen.

Citadel-agenten haasten zich om Joana's moord op president Aronov te voorkomen bij de G8-top, waar ze de controle over de Russische satellieten wil krijgen. Het team moet een gevaarlijke infiltratie uitvoeren en komt voor onmogelijke en dodelijke keuzes te staan in een laatste confrontatie.