FBI：特別捜査班

チームに新メンバーとして特別捜査官ティファニー・ウォレス（キャサリン・レニー・ターナー）が加わり、メディア企業で銃乱射事件を企てた犯人を探す。また、OAの個人的な人間関係が彼の判断力を曇らせる。

湖底から3人の女性の遺体が見つかり、チームは連続殺人犯を追う。ジュバルは以前解決した事件との類似点を発見し調査する。

麻薬カルテルのリーダーで最重要指名手配のアントニオ・ヴァルガス（デヴィッド・ザヤス）を逮捕する。だが手下がヴァルガスを釈放するようテロ的行為で脅迫し、FBI全体が危険にさらされる。混乱の中イゾベルは、道義心と自らのキャリアのどちらを選択するか苦渋の決断をすることになる。

ヒスパニック系の15歳の少女を祝うキンセアニェーラで銃撃事件が発生し、2人が殺された。だがチームは、犯人の標的が別人だったのではないかと考える。

休暇中の家族が滞在していた山小屋から娘が誘拐される。チームの調査で、この誘拐は家族が隠している秘密に関係しているのではないかと判明する。

化学プラントで強盗事件が起き税関職員が2人殺され、チームは麻薬密売組織に潜入しなくてはならない。またネスタ-（ジョシュ・セガーラ）が捜査に協力することになり、マギーは彼の新たな一面を見い出す。

見たところ接点のない標的を狙った殺人犯を追うチーム。新加入の捜査官ティファニー・ウォレス（キャサリン・レニー・ターナー）が、FBI特別捜査官としてのキャリアと黒人女性としてのコミュニティーの責任感との間で葛藤する。

爆破事件で3人が死亡した。チームは以前から嫌疑がかかっていた人物の親しい友人から情報を得ようと強要する。一方OAは、恋人のモナ（ヤスミン・エイカー）と情報提供者の権利に関して衝突する。

政治記者が誘拐されるが身代金の要求がない。チームは誘拐犯の動機を突き止めるため、記者の交友関係を探ることになる。

動物の覆面をした2人組の強盗事件が発生し、非番の26FBI警備員が殺された。

自宅に届いた小包が爆発し男が殺された。他に配送される荷物を阻止するべく、チームは送り主を捜索する。

2人の医師が拉致された。チームが追う犯人は、息子の命を救うためなら手段を選ばない覚悟の父親だった。

大手証券会社のCEOが、抗議する人たちに囲まれ銃撃され死亡した。チームは、この証券会社の市場操作により最も損失を被った人物を捜索する。

ニューヨークのレストランで多数の死傷者が発生した事件。チームは人種差別が動機なのか、また犯人は複数なのか、判明を急ぐ。

ニューヨークの人気レストランで5人の著名人が殺された。チームの捜査でアントニオ・ヴァルガスのカルテルの幹部にたどりつく。時を経てイゾベルとヴァルガスの対決が再び始まる。デヴィッド･ザヤスがヴァルガス役で再び登場する、シーズン３の最終話。