未知のウイルス、バグスターが人知れずまん延する社会。政府は聖都大学附属病院に極秘部署・電脳救命センター（CR）を設置、人類滅亡の危機を回避するための対策を密かに進めていた。ゲームウイルスであるバグスターを倒すのはデジタルゲームの世界！ゲーム企業と共同で開発したゲーマドライバーとガシャットで適合者に選ばれた医師＝ドクターは仮面ライダーに変身する！若き研修医・宝生永夢に託された運命、それは仮面ライダーエグゼイドに変身し、バグスターから患者の命を守ること。ゲームの世界でエグゼイドはバグスターを倒す！患者の命を救うために、患者の心の不安を取り除くために、そして、人類を滅亡の危機から救うために。エリート外科医、闇の無免許医、そして事件の秘密を探る監察医...。様々な思惑を抱えたドクターたちの信念がぶつかり合う...。コンティニューなど存在しない、戦いの結末はゲームクリアだ！
