Aya Asagiri é uma excluída. Vítima de bullying na escola e de maus tratos pelo próprio irmão em casa, ela passa o dia desejando morrer. Um dia, Aya encontra um site misterioso chamado Garota Mágica. O site oferece a ela uma varinha mágica que a transformará em uma garota mágica. Ao chegar na escola na manhã seguinte, ela encontra um estranho revólver de madeira em seu armário...

Tsuyuno Yatsumura é outra garota mágica que recebeu uma varinha pelo site Garota Mágica. A varinha de Tsuyuno pode parar o tempo. Ela usou para retaliar contra Sarina Shizukume. Tsuyuno alerta Aya. Usar a varinha encurta seu tempo de vida e alguém está matando garotas mágicas por causa de suas varinhas, e esse alguém está se aproximando.

A identidade do Caçador Mágico, que tem matado garotas mágicas é revelada: é outra garota mágica chamada Rina Shioi. Rina faz isso para sobreviver à Tempestade e descobrir alguns dos segredos do site, mas acaba ficando inconsciente por usar demais sua varinha. Aya e Tsuyuno procuram por um curandeiro para despertar Rina, mas a nova garota mágica que eles encontram é alguém inesperado.

A nova garota mágica Nijimi Anazawa quer que Rina morra. Aya e Tsuyuno ainda não sabem como acordar Rina de seu coma. Apesar desse obstáculo, a vida de Aya parece estar melhorando depois de seu encontro com Tsuyuno. Então, um dia sua turma recebe uma aluna de transferência. E é justamente Nijimi! Aya entra em pânico e Tsuyuno não está lá para ajudá-la.

Após perder sua melhor amiga e se machucar, Sarina Shizukume vira uma garota mágica e jura se vingar de Aya. Enquanto isso, Aya procura Tsuyuno e a encontra em estado crítico. Perseguida por seu passado, Tsuyuno impede que Aya chame uma ambulância. Quando Aya fica sabendo do segredo de Tsuyuno, ela não consegue conter as lágrimas. Tsuyuno se comove com as lágrimas e determinação de Aya.

Aya e Tsuyuno são enviados inconscientes para o hospital após a batalha mortal com Sarina. Enquanto isso, Nijimi visita a casa de Asagiri e encontra Kaname depois que ela descobre a traição de Aya. Naquela noite, uma garota aparece diante de Rina. Ela é Kosame Amagai e possui uma vara mágica com poderes de cura. Kosame usa seu poder para acordar Rina e Rina descobre uma verdade inesperada.

Aya e as outras aprendem que existem vários sites de Garota Mágica, cada um com seu próprio administrador, e que a informação que Rina tem de Tempestade é falsa. Elas decidem se juntar à Kosame e outras garotas mágicas de um site diferente para descobrir a verdade por trás deles, e sobreviver. Mas isso requer uma parceria com Nijimi, que ainda está atrás da vida de Rina.

O grupo foi à praia como foi sugerido por Aya para tentar aproveitar o tempo de folga, mas Aya na verdade tinha um motivo secreto por trás da viagem. Aya diz para Tsuyuno o quão agradecida está por tudo que ela fez, e as duas garotas selam um pacto. No entanto, quando retornam para a casa de praia, elas descobrem que a varinha de Nijimi foi roubada.

Quem rouba a varinha de Nijimi é o irmão de Aya, Kaname. Incapaz de contar a alguém, Aya visita a casa de Sayuki com Tsuyuno e os outros. Enquanto isso, Kaname coloca um novo plano em ação depois de tirar proveito dos sentimentos de Nijimi e roubar sua varinha. Kaname já matou e não hesitará em matar de novo. Kaname segue em direção de Aya para matar todas as garotas mágicas e pegar suas varinhas.

Nijimi morreu protegendo seus aliados de Kaname. Aya sente-se culpada e se tranca em seu quarto. Porém, Aya mudou desde que encontrou Tsuyuno. Ela está mais forte. As palavras de Tsuyuno ajudam Aya a se levantar. Alguém cuidando dela é algo inesperado. Uma Aya totalmente determinada reaparece diante de seus amigos no funeral de Nijimi.

O plano das garotas mágicas é esperar o administrador do site entregar a varinha para uma nova garota mágica e então capturá-los, forçá-los a revelar os segredos do site e descobrir uma maneira de sobreviver. Elas usam suas habilidades ao máximo e o momento finalmente chega. Aya, Tsuyuno e Rina ficam à espera no ginásio quando o administrador aparece.

Parece que a identidade do administrador é uma garota humana. Tsuyuno morre protegendo Aya e seus amigos, mas volta à vida como uma nova candidata a administrador. Tsuyuno recebe ordem de matar Aya para se tornar um administrador oficial. Tendo perdido suas antigas memórias, Tsuyuno ataca Aya com força sobrenatural. “Seja forte.” Com as últimas palavras de Tsuyuno em mente, começa a luta de Aya.