Une série d'explosions secoue Gotham. Batman se retrouve au cœur d'une guerre de territoire entre les chefs du crime rivaux Rupert Thorne et le Pingouin. Pendant ce temps, le Commissaire Gordon et sa fille Barbara cherchent des moyens de réorganiser le système de justice pénale de Gotham de l'intérieur.

Quand une star glamour du cinéma disparaît, Batman et l'Inspectrice Montoya se retrouvent empêtrés dans la toile obscure d'un vengeur mystérieux qui hante les plateaux.

Son père multimillionnaire en prison, ce qui la laisse à court d'argent, la dilettante en quête de sensations fortes Selina Kyle se tourne vers une vie de crimes tandis que l'audacieuse Catwoman contourne la loi dès qu'elle le peut. Batman élabore un plan pour mettre un terme à ses délits tandis que deux inspecteurs de police renégats veulent lui faire utiliser ses neuf vies d'un seul coup.

Le Maire Jessop forme une unité spéciale pour arrêter Batman, et l'Inspectrice Montoya est nommée à sa tête. Les Inspecteurs Flass et Bullock prennent les choses en main pour coincer Batman, mais ils mettent Gotham en danger.

Quelqu'un enlève des hommes riches et puissants de Gotham pour leur faire un lavage de cerveau, et Batman doit découvrir qui et pourquoi. Barbara Gordon commence à soupçonner une de ses amies de participer aux enlèvements. Son enquête la met nez à nez avec le Chevalier Noir.

Suite à une série de cambriolages à Gotham, Batman a du mal à accepter la possibilité que le coupable puisse venir d'outre-tombe. Pendant ce temps, la moralité de Harvey Dent est mise à l'épreuve quand une source vraiment infâme lui offre un généreux don pour sa campagne.

Suite à une tentative d'assassinat ratée contre le Commissaire Gordon, Montoya jure de faire tout ce qui est en son pouvoir pour le protéger. L'enquête de Batman pour découvrir le coupable le conduit dans un guêpier où seule une réponse est claire : il ne faut faire confiance à personne.

Des enfants se mettent à disparaître lors d'un événement de campagne de Harvey Dent. Batman enquête dans les coulisses de la fête foraine organisatrice et découvre quelque chose de bien plus inquiétant.

Après l'accident de Harvey Dent, aussi bien Batman que Bruce Wayne doivent œuvrer pour empêcher le procureur de pratiquer une mauvaise justice.

Dans le dernier épisode de la saison, la tentative de Barbara Gordon et de Batman pour protéger Harvey Dent avant son témoignage au tribunal conduit à une guerre ouverte entre les héros et les méchants de Gotham.