Absentia

에밀리는 지난 두 시즌 동안 자신이 한 행동의 결과를 받아들이려고 애쓰면서 정직으로부터 복귀를 며칠 앞두고 있다.

치명적인 사건 이후, 에밀리는 신비에 싸인 정보원 카이의 도움으로 닉을 찾고 구조하기 위해 시간과 싸움을 벌여야 한다. 에밀리는 그의 위치 추적을 시작하자마자, 더 복잡한 음모가 진행 중에 있음을 깨닫고 닉이 죽었을 가능성과 씨름한다.

혼란에 빠지고 약물에 취해 인사불성이었던 닉은 사방이 막힌 어두운 곳에서 깨어난다. 증거 없이는 닉이 죽었다는 걸 인정하지 않는 에밀리는 닉을 되찾기 위해 거래를 한다. 그러나 도킨스가 덫을 놓았고 모두가 위험하다는 걸 알게 된다.

닉을 추적해달라는 요구를 FBI에게 한 에밀리는 저항에 부딪힌다, 그동안 에밀리는 닉에게 안내할 수 있는 한 사람과 대면하는 위험한 계획에 착수한다. 닉이 약물에 취하고 정신적인 고문을 당하면서 FBI 요원, 남편, 아버지로서 숨겼던 죄책감과 불안감이 드러난다.

에밀리는 닉에게 다가가기 위해 도킨스의 요청을 따르고, 그 과정에서 영리한 계략을 세운다. 그 사이 닉은 죄책감과 피해 망상에 압도되는 위기에 놓이지만, 자신을 괴롭힌 개인적인 악령들을 마침내 잠재운다.

닉은 계속 고문당하지만 탈출할 기회를 찾고 있다. 닉을 구하기 위해 출발한 칼과 에밀리는 그 사이 더 가까이 다가간다. 둘은 알 수 없는 장소에 도착해 보스턴에서의 닉의 사건과 관련된 증거를 찾아내지만 닉의 흔적은 없다.

닉은 아슬아슬한 추격전 끝에 탈출에 성공하고 이를 모르는 에밀리는 훔친 파일과 닉의 교환을 제안하며 닉이 살아있는 증거를 요구한다. 닉은 FBI에 연락을 취하고 에밀리는 용기를 내어 칼에게 과거를 물어보기로 한다.

에밀리와 닉은 난민 수용소에 침투할 계획을 세우고, 칼은 암스트롱을 잡아 법의 심판에 넘기기 위해 메리디언 조직에 위장 잠입한다. 한편 크라운과 거너슨은 메리디언의 내부 스파이에게 접근하고, 예상치 못한 손님이 농장을 방문한다.

닉은 난민을 풀어주기 위해 노력하고, 칼은 마침내 암스트롱과 대면한다. 군나르센과 크라운은 웹 부국장을 체포하려는 과정에서 뭔가 치명적인 걸 발견한다. 이제 에밀리는 엘리엇의 작전의 진상을 알아내려고 애쓰고, 자신의 가족을 보호하기 위해 극단적인 노력을 한다.

에밀리와 닉은 마침내 보스턴에 있는 플린과 재회한다. 하지만 엘리엇의 생물학 무기의 위협이 여전히 크다. 에밀리는 가족의 안전을 위해 극단적인 조치를 쓰는 위험한 선택을 한다.