Le général O'Neill parti à la retraite, le lieutenant-colonel Cameron Mitchell et le général Landry prennent le commandement du SG-1. Cameron se fait une joie de faire équipe avec les membres de la mission, mais il découvre que Carter travaille sur la Zone 51, que Teal'c est retourné près de son peuple et que Daniel Jackson s'apprête à rejoindre Atlantis.

Dans le sanctuaire du roi Arthur, Vala, Jackson, Cameron et Teal'c sont en fâcheuse posture. Mais ils parviennent à résoudre les énigmes et à trouver le trésor d'Avalon. Ils découvrent également un livre qui leur apprend que les ancêtres des Anciens sont les Altérans qui vivaient dans une galaxie dominée par les Oris.

Aux confins de la galaxie, Daniel rencontre Doci, le grand prêtre Ori, dont la destinée est d'amener les humains à l'Illumination, les impies étant opprimés. Maintenant que ces redoutables religieux ont découvert leur existence, des prêcheurs Ori sont envoyés dans la galaxie pour convertir des populations entières et déclarer la guerre aux Infidèles.

Afin de défaire les liens psychiques qui les unissent toujours une fois les bracelets Jafa retirés, Daniel et Vala, escortés par Cameron et Teal'c, rendent visite au dernier propriétaire des bijoux pour qu'il rompe le charme.

Vala mène le SG-1 sur une planète où elle est adorée en tant que déesse Qetesh - dont elle usurpe le nom depuis des années, auprès d'un peuple peu éclairé et convoité par un prêcheur Ori. Pour prouver aux habitants que les Oris ne sont pas des vrais dieux, elle avoue sa supercherie et se retrouve devant un tribunal.

Nerus, chef Go'auld, prévient le colonel Landry de l'invasion imminente des Oris par l'intermédiaire d'une planète jaffa dont l'ennemi bloque la Porte des étoiles grâce à un champ magnétique. Autorisé par le gouvernement américain à utiliser la plus puissante des armes nucléaires à leur disposition, Sam Carter embarque à bord du Prométhée…

SG-1 découvre que Ba'al s'est installé sur Terre et dirige une grande entreprise. L'équipe doit naviguer entre les enjeux politiques et les menaces extraterrestres pour neutraliser cette nouvelle infiltration.

Lors d'une exploration, l'équipe essuie une attaque des guerriers sodans, des Jaffa, qui blessent et capturent le colonel Mitchell. Il est conduit dans un village où il est entraîné pour le combat de la mort, un rituel destiné à réparer sa faute.

Sur une planète à l'accès curieusement sécurisé, l'équipe ramène au SG-C un cobaye humain nommé Khalek, laissé en stase dans un laboratoire Goa'uld, et sur qui est décelé l'ADN d'Anubis. A l'instar de son procréateur, les pouvoirs de Khalek sont illimités et son ascension est imminente. Alors que Daniel Jackson conseille d'éliminer cette terrible menace, le gouvernement propose de l'étudier.

Alors qu'une équipe d'exploration revient sur Terre, un virus mortel propagé par les Oris frappe l'ensemble du territoire des États-Unis. Au SG-C, un Ancien du nom d'Orlin prend l'apparence d'une petite fille et tente d'aider Carter à trouver un antidote.

Alors que la quarantaine est proclamée sur tout le territoire américain, Orlin s'obstine à terminer sa mission sur Terre au péril de sa vie. L'épidémie Ori grandissante, le colonel Mitchell sollicite l'aide des guerriers sodans pour capturer un prêcheur, utile à la fabrication d'un remède. Loin de là, la résistance Jaffa contre l'engagement religieux de Gerak s'organise autour de Teal'c.

Lors d'un voyage de négoce, Mitchell est accusé d'un meurtre qu'il n'a pas commis. Pourtant, ses souvenirs prétendent le contraire. Malgré l'immunité dont il jouit, il se porte volontaire pour qu'un programme sonde sa mémoire.

En raison d'un dysfonctionnement de la Porte des étoiles, plusieurs réalités parviennent simultanément aux commandes du vaisseau et sèment le trouble en créant différentes versions de l'équipe de SG-1.

L'équipage du SG-1 embarque à bord du Prométhée pour se rendre à Tegalus. Ils souhaitent empêcher les habitants de la planète d'utiliser une arme conçue et fournie par les Oris pour détruire leurs ennemis.

Ba'al manipule les membres du conseil Jaffa pour les empêcher d'installer une démocratie. Il enlève Teal'c pour soumettre le peuple à sa volonté d'alliance militaire avec les Goa'uld contre les Oris.

En enquêtant sur une culture de maïs génétiquement modifié que l'Alliance Lucian marchande comme de la drogue, SG-1 tombe aux mains des trafiquants et ne peut s'échapper car la Porte des étoiles s'est volatilisée...

Alors qu'un remède stoppe enfin le virus des Oris, un nouveau fléau vient de s'abattre sur le site Gamma où le SG-1 escorte une poignée de diplomates. Attaqués par des insectes devenus carnivores, ils se réfugient dans une grotte et doivent survivre jusqu'à ce qu'une solution soit trouvée.

Sam, Cameron puis Daniel sont bloqués dans une dimension parallèle. Devenus invisibles par l'activation du journal de Merlin, ils découvrent un important message : la mise au point d'une arme pour détruire les Oris. Pendant ce temps, Teal'c court à l'aide des Sodan, à nouveau victimes de la malédiction d'un prêcheur.

Le SG-1 est averti par Vala que les Oris s'apprêtent à lancer leur invasion. Ils construisent des vaisseaux de guerre et persuadent leurs fidèles de se préparer à une gigantesque croisade interstellaire.

Jackson et Mitchell se rendent dans le village de Camelot pour retrouver l'arme secrète de Merlin. Ils espèrent qu'avec ce Graal, les militaires parviendront à repousser l'invasion que les Oris s'apprêtent à lancer. Mais les villageois se montrent peu coopératifs, Merlin étant pour eux un mage maléfique.