アレックス･ライダーは、交通事故死したはずの叔父イアンが実はイギリス政府のスパイとしての任務中に殺害 されたことを知らされ、その平凡な生活が一変する。ＭＩ６から派生した影の組織のトップ、アラン･ブラントは、アレックスが幼少期から危険なスパイ活動をこなせるよう無意識に訓練させられていたことに気づく。叔父の死の真相と、大富豪２人の死の接点を探るため、気乗りしないままアレックスは身分を偽り、人里離れた全寮制学校ポイントブランクで潜入捜査をすることに。フランス･アルプス山脈内にあり雪に覆われたポイントブランクは、超裕福な家庭の問題児を更生させる施設とされている。しかし内部を探り始めたアレックスは、謎めいた校長グライフ博士が生徒たちを奇妙な計画の被験者として利用していることを突き止め、危険を顧みず計画を阻止しようとする。
