アメリカがホームランダーの支配に順応している中、ゴドルキン大学では、新学部長が学生たちをより強くするための特別授業を開始した。ケイトとサムがヒーローとなった一方で、マリー、ジョーダン、エマは数か月のトラウマを背負いながらも大学に戻る。人間と能力者の間で戦争が起ころうとしているこの時代に、仲間たちは60年代から存在し、現在まで大きな影響を及ぼしている秘密プログラムを知ってしまう。そして、そのプログラムはマリーにも関わるものだった。