Crímenes imposibles de cometer ocurren en la ciudad, se identifica a los perpetradores: criaturas llamadas "Desconocidos". Makoto Hikawa, del Escuadrón de Combate, usa una súper armadura llamada G3 para contener lo Desconocido. "Kamen Rider Agito" cuenta la historia de Shouichi Tsugami, Ryou Ashihara y Makoto entrelazados con los misterios detrás de los Desconocidos...
