Erneut bedroht eine dunkle Kraft den Frieden in Ninjago - Nadakhan, der böse Dschinn und Kapitän der berüchtigten Luftpiraten, wurde befreit und will mit seiner Mannschaft nun Ninjago zerstören, denn Nadakhans altes Reich Djinjago wurde ebenfalls durch die Ninja zerstört. Um seine Rachepläne umzusetzen, nutzt der Dschinn die verborgenen Wünsche der Ninja.