In 1995, omdat ze aan hun strenge leven willen ontsnappen, plannen Kiryu en zijn vrienden een overval op een speelhal. De speelhal wordt echter geleid door de Doujima-clan, een machtige yakuzaorganisatie die de baas is in Kamurocho. In 2005, wordt Kiryu vrijgelaten uit de gevangenis en hoort hij van rechercheur Date dat zijn vrienden in gevaar zijn in Kamurocho.

1995. Kazama, de directeur van weeshuis Zonnebloem, hoopte dat Kiryu, Nishiki, Yumi en Miho een eerlijk leven zouden leiden. Maar tegen zijn wens in komen de vier terecht in de onderwereld van de Yakuza. Ondertussen, in 2005, lopen de spanningen tussen de Omi-clan en de Tojo-clan op tot een kookpunt door de roof van tien miljard yen.

1995. De Doujima-clan heeft Edgars jongere zus op de korrel. Zij heeft het officiële zegel dat nodig is voor de verkoop van zijn land. Ondertussen reist Yumi naar Osaka op zoek naar haar vervreemde oudere zus. De strijd om Edgars zegel loopt op. In 2005 verdwijnt Aiko en laat haar dochter Haruka achter. Kiryu en Yumi besluiten om Haruka te beschermen, maar ze doen al snel een ontdekking.

In 1995 wordt een overwerkte Miho ernstig ziek. Nishiki, die zich grote zorgen maakt over zijn zus, is overgeleverd aan het plan van Doujima die zijn kwetsbaarheid uitbuit. In 2005 zijn Kiryu en Yumi nog steeds op zoek naar Aiko in Osaka. Ze ontmoeten voorzitter Goda van de Omi-clan, die ze dwingt om te beloven de tien miljard yen de volgende dag terug te brengen.

In 2005 heeft Kazama een ontmoeting met voorzitter Goda van de Omi-clan in een poging om een oorlog met de Tojo-clan te voorkomen. Het onbesliste conflict tussen Kiryu en Nishiki van tien jaar geleden speelt weer op, en drijft weer een wig tussen ze. In 1995 krijgt Kiryu, die een reeks overwinningen heeft in illegaal boksen, om Miho's operatie te betalen, een belangrijk titelgevecht.

1995, de band tussen Kiryu, Nishiki, Yumi en Miho, die er als familie voor elkaar waren, valt tragisch genoeg uit elkaar. 2005. Kan Kiryu een oorlog tussen de Tojo-clan en de Omi-clan vermijden? Hoe lossen Kiryu en Nishiki hun tien jaar oude conflict op? En wat is de echte identiteit van de Shinjuku Duivel? Met oplopende spanningen staan ze voor de laatste strijd in Kamurocho.