Une nouvelle équipe Stargate menée par le Dr Elizabeth Weir (Torri Higginson) part en mission vers une galaxie lointaine, où ils découvrent la cité perdue mythique d'Atlantis et un nouvel ennemi mortel qui se nourrit de la peur humaine. 1ère partie.

Une nouvelle équipe Stargate menée par le Dr Elizabeth Weir (Torri Higginson) part en mission vers une galaxie lointaine, où ils découvrent la cité perdue mythique d'Atlantis et un nouvel ennemi mortel. 2ème partie.

McKay (David Hewlett) est volontaire pour être le premier à tester la nouvelle génothérapie de Beckett (Paul McGillion). Mais les choses se passent mal quand l'appareil reste coincé empêchant le Dr McKay de manger ou boire, mettant sa vie en danger.

L'équipe Stargate doit se dépêcher de sauver le major John Sheppard (Joe Flanigan) quand il se retrouve coincé dans la porte, avec seulement 38 minutes avant qu'elle ne se ferme automatiquement et qu'il ne soit éjecté dans l'espace.

Après plusieurs attaques des Wraiths, le Dr Elizabeth Weir pense qu'il y a un espion dans l'équipe et les indices pointent vers Teyla. Se sentant trahis par les soupçons de l'équipe, les Athosiens partent vers une terre récemment découverte.

Sheppard (Joe Flanigan), le Dr Weir (Torri Higginson) et le reste de l'équipe visitent une nouvelle planète, M7G-677, où personne n'a plus de 24 ans à cause d'un suicide rituel que les citoyens croient nécessaire pour éloigner les Wraiths.

Sur la planète Hoff, le Dr Beckett tente d'aider les Hoffans qui travaillent à un vaccin anti-Wraiths. Malgré les avis déconseillant de prendre le vaccin à cause du haut taux de mortalité et des risques de violence, les Hoffans prennent le risque.

A equipa visita os Genii, uma comunidade agrícola pacífica, com o objetivo de aquirir alimentos que permitam a sua sobreviência. Mas dá-se uma reviravolta quando descobrem que os Genii estão a planear um ataque massivo contra os Wraith.

En arrivant sur une nouvelle planète, M5S-224, Sheppard et l'équipe découvrent qu'ils peuvent rentrer sur Terre. Ils partent, en espérant revenir avec un nouvel hyperdrive. Mais quand les moteurs explosent, l'équipe a un nouveau problème.

Sheppard et Teyla découvrent qu'une tempête massive approche de la cité. L'équipe doit l'évacuer et les Manariens leur offrent un abri. Alors qu'ils tentent de trouver un moyen d'activer le bouclier, la cité est envahie par les Geniis.

Sheppard (Joe Flanigan) joue un jeu dangereux du chat et de la souris alors qu'il tente de reprendre le contrôle d'Atlantis aux Geniis qui tiennent la ville ainsi que Weir (Torri Higginson) et McKay (David Hewlett) en otages.

En explorant l'espace, Sheppard, McKay et les docteurs Abrams et Gaul tombent sur un gigantesque vaisseau-mère abandonné, datant de la bataille des Anciens. A proximité, ils captent un très faible signal de détresse en Wraith et décident d'atterrir sur la planète attenante.

Une équipe de scientifiques inspecte les dégâts subis par la cité après la tempête et libère accidentellement un virus hallucinogène et mortel. Le virus infecte McKay, Zelenka et Ford et Sheppard doit empêcher sa propagation.

En cherchant une nouvelle planète, Sheppard (Joe Flanigan) et l'équipe trouvent un monde paradisiaque, Proculus, qui ferait un sanctuaire idéal pour ceux qui fuient les Wraiths. Mais les habitants pensent que leur déesse ne le permettra pas.

Lors d'une exploration de la cité, Sheppard (Joe Flanigan) et l'équipe trouvent une vieille femme en animation suspendue. Croyant que c'est une Ancienne, l'équipe la réveille, mais découvre qu'il s'agit du Dr Weir (Torri Higginson).

L'équipe cherche un précieux E2PZ censé être caché sur la planète Dagan, où les Sudariens l'ont reçu il y a plus de 10 000 ans. Lors de leurs recherches, l'équipe commencent à se méfier de leurs nouveaux alliés et de leurs objectifs.

McKay découvre un moyen d'envoyer des messages sur Terre, et l'équipe de contacter leurs proches alors que les Wraiths approchent de la cité. Sheppard et Teyla quittent Atlantis pour trouver des informations sur l'armée Wraith.

Tourmentée par des cauchemars terrifiants, Teyla (Rachel Luttrell) se souvient de l'époque où son père et elle ont été capturés par les Wraiths et soumis à des expériences troublantes. Aidée d'une vieille Athosienne, Teyla se plonge dans son passé.

Avec un groupe de vaisseaux ruches Wraiths en route pour Atlantis, l'équipe cherche un endroit où fuir et une façon de détruire la cité. McKay (David Hewlett) mène une équipe pour activer les défenses orbitales des Anciens et détruire les Wraiths.

Alors que l'équipe commence à perdre espoir, le colonel Everett est envoyé par le programme Stargate sur Terre. Alors qu'Everett et l'équipe montent un plan, un nouveau vaisseau de guerre, le Dédale, arrive avec un nouvel E2PZ et une lueur d'espoir.