Mason, Nadia ja Bernard piileskelevät eri puolilla Eurooppaa ykköskauden tapahtumien jälkeen. Mason kamppailee identiteettiongelmien kanssa, Nadia pakenee tyttärensä kanssa agentti Aparnalta ja Bernard liittoutuu entisen CIA-agentti Hutchin kanssa pysäyttääkseen Paulo Bragan. Salaisuus paljastuu, kun Nadia kohtaa Frank Sharpen.

Abbyn pako aiheuttaa tappavia tapahtumia, kun Mason taistelee Manticoran salamurhaajia vastaan. Paulo ja Joana kehittävät asettaan jahdatessaan Masonia. Bernard ja Hutch kiirehtivät ryhmän yhdistämistä. Nadian kanssa käydyn väkivaltaisen yhteenoton jälkeen Mason hakee apua vanhalta viholliselta ja saa selville Bernardin synkän salaisuuden.

Kun Paulon suunnitelman toteutus nopeutuu, Mason ja Nadia pakotetaan jännittyneeseen liittoon. Yhdessä Bernardin, Hutchin, Celinen ja Frank Sharpen kanssa he suorittavat uskaliaan tehtävän paljastaakseen salaperäisen hakkerin henkilöllisyyden, joka on avain maailmanlaajuisen katastrofin pysäyttämiseen.

Saatuaan selville Edisonin todellisen henkilöllisyyden tiimi suuntaa korkean profiilin gaalaan, johon heidän kohteensa odotetaan ilmestyvän. Mutta kun jännitteet Masonin ja Nadian välillä kärjistyvät ja viholliset lähestyvät, omapäinen päätös uhkaa tuhota koko tehtävän.

Mason ja Dahlia järjestävät suurten panosten vankienvaihdon neuvotellakseen Abbyn vapauttamisesta. Mutta kun Masonin murtuminen uhkaa suistaa suunnitelman raiteiltaan, molemmat osapuolet kiirehtivät kaupantekoon. Se johtaa Abbyn järkyttävään paljastukseen, joka muuttaa kaiken.

Kun Joana nopeuttaa suunnitelmaa Venäjän presidentin salamurhasta G8-kokouksessa, Mason ja Nadia vievät Abbyn turvataloon Skotlantiin. Kauhea totuus siitä, mitä Abbylle tehtiin, laukaisee tuhoisan tapahtumaketjun.

Citadelin agentit kiirehtivät estääkseen presidentti Aronovin murhan G8-kokouksessa, jossa Joana aikoo vallata venäläiset satelliitit. Tiimin on suoritettava vaarallinen soluttautumistehtävä ja kohdattava mahdottomia ja tappavia valintoja lopullisessa yhteenotossa.