Totally Spies!

Toute la promotion de Beverly High, y compris Sam, Clover et Alex, s'évanouit mystérieusement pendant la cérémonie de remise des diplômes. À leur réveil, ils se retrouvent à l'école, qui a été reproduite par Chet. Chet prévoit d'emprisonner pour toujours tout le monde dans sa vie de lycéen.

Sam, Clover et Alex arrivent à l'université de Malibu (ou Mali-U en abrégé), une magnifique école surplombant l'océan Pacifique alors qu'ils se préparent à commencer leur vie d'étudiants. Cependant, comme ils se sont inscrits à la dernière minute, Sam doit dormir chez Stacy, une étudiante en deuxième année, tandis qu'Alex et Clover dorment de l'autre côté du couloir.

Les filles s'inscrivent à Espionage 101, dans l'espoir d'obtenir un A. Le professeur Fremont est impressionné par les filles et les charge de voler un objet dans un laboratoire pour reconstituer un célèbre événement d'espionnage. Les filles sont en mesure de terminer leur mission, mais elles sont arrêtées le lendemain matin.

Jerry demande aux filles de transporter un criminel au pénitencier le plus sécurisé de WOOHP. Mais la personne dangereuse est Granny, une gentille femme âgée qui prépare même des biscuits pour les filles. Baissant la garde, les filles se font piéger alors que mamie réquisitionne leur véhicule et retrouve ensuite ses amis âgés pour reprendre leurs habitudes de braquage de banque.

Blaine et Clover sont officiellement en couple. Cependant, la vie d'espion de Clover ne se déroule pas si bien. Alors qu'il est en mission pour capturer le dernier méchant appelé The Mallrat, Clover est retenu captif par son prétendu homme de main jusqu'à ce qu'Alex et Sam la sauvent.

Alors que Blaine part pour une mission top secrète, Clover essaie de se remonter le moral en faisant tout ce qu'elle aime faire : aller dans son spa réservé aux membres, faire du shopping dans sa boutique préférée et manger dans son restaurant végétarien préféré. Malheureusement, « Operation Self-Love » ne se déroule pas comme prévu.

C'est la semaine grecque à Mali-U et Clover s'engage à créer une sororité : Phi Epsilon Phi, ou PEP en abrégé. Bien qu'elle rencontre Mandy et Mindy en guise de promesses, elle persiste tout au long du processus de recrutement.

Jerry emmène les filles avec lui à Paris, en France, pour travailler au bureau européen de WOOHP situé sous la Tour Eiffel. Leur première mission est de retrouver l'équipe féminine roumaine de gymnastique. Ils découvrent que l'entraîneur les a entraînés à être exceptionnels, mais qu'elle a vraiment volé l'agilité des singes du zoo local.

Les aventures des filles en Europe se poursuivent alors qu'elles font une pause en se rendant à Rome, mais se perdent en cours de route. Ils découvrent une ville voisine qui est attaquée par deux chefs qui s'affrontent avec des calzones et des pizzas destructrices. Après leur avoir obtenu une trêve, Jerry les informe que plusieurs grands chefs ont été enlevés.

Les filles enquêtent sur la disparition de plusieurs critiques de mode européens et découvrent que l'auteur de cette disparition n'est autre qu'Yves Mont Blanc, le créateur de chaussures préféré de Clover. Yves prévoit de contrôler les critiques en les mettant dans des bottes spéciales pour étendre son influence lors d'un défilé de mode.

Lorsque Sam, Clover et Alex sont attaqués à divers endroits de Mali-U, ils commencent à soupçonner, en raison de la nature des attaques, que les méchants du passé sont à blâmer. Cependant, lorsque Jerry les informe que ces méchants sont toujours incarcérés dans le système pénitentiaire WOOHP, les filles sont perplexes.

Les filles et Britney découvrent qu'une nouvelle tendance en matière d'exercice se dessine sur le campus, qui implique l'utilisation de mouvements spéciaux enseignés au WOOHP. Jerry leur demande de trouver le responsable.

Clover essaie de réserver une escapade dans un hôtel sous-marin mais se voit refuser parce qu'il n'est pas un VIP. Jerry confie aux filles deux missions : d'abord, trouver qui ou quoi a fait monter le niveau de l'eau de la Terre, et ensuite, découvrir qui a kidnappé des célébrités, comme l'attentat contre T-Bone, l'interprète de musique préféré d'Alex et Britney.

Jerry informe Sam, Clover et Alex qu'il a été signalé qu'un étrange être terrorisait une station de ski chic. Lorsqu'ils arrivent pour enquêter sur cet endroit luxueux, ils découvrent qu'ils ne sont pas les seuls concernés. Ils rencontrent Martin Mystery, un adolescent enquêteur paranormal travaillant pour The Center, une organisation similaire à WOOHP.

Les espions sont envoyés pour enquêter sur une série d'attaques contre des restaurants de sushis. Clover et Alex suivent la piste et découvrent qu'un chef de sushi a agrandi et maîtrisé des poulpes pour les détruire. Cependant, Sam est très distraite par une deuxième mission, suivre les activités de Jazz Hands, une prisonnière du WOOHP récemment libérée, sans en parler à ses amis.

Inquiets par le comportement récent de Sam, qui a sauté des cours, interrompu les missions et menti, Alex et Clover décident de l'espionner, mais Jerry les envoie d'abord en mission pour affronter un méchant sur un terrain de jeu, qui s'avère être un enfant jouant au Dodge Ball. Ils découvrent plus tard que Sam s'allie à Jazz Hands sous le couvert de Miss Spirit Fingers.

Jazz Hands ouvre son propre parc d'attractions : Mime World. Sam poursuit son travail d'infiltration en incarnant Miss Spirit Fingers alors qu'elle apporte la puce électronique à Jazz Hands, tandis qu'Alex et Clover s'infiltrent en tant que touristes geeks. Ils découvrent une exposition dans laquelle les visiteurs sont transformés en une armée de mimes, et où Jazz Hands les suit.

Lorsque d'étranges attaques contre des étudiants sont signalées sur tout le campus de Mali-U, Jerry demande à Sam, Clover et Alex de vérifier. Les filles attribuent ces attaques à un homme déguisé en oiseau, mascotte de leur rival Riptide State, qui avait perdu contre Mali-U lors de leurs précédents méga-tournois de sports de plage.

Après avoir fréquenté une bande de mecs sans cervelle, Clover décide de s'essayer à un cours de théâtre. Le professeur est très convaincant et joue Clover dans l'une de ses pièces musicales en tant que lampadaire. Plus tard, les filles remarquent que Mandy, Virgil et d'autres étudiants se comportent de manière assez étrange et mélodramatique.

Jerry envoie les filles en mission où elles capturent rapidement un homme fort et volumineux vêtu d'un costume de super-héros Humongo Man. Virgil, le responsable du Mali-U Café, invite Alex à sortir avec lui, mais le rendez-vous se passe tellement mal qu'elle veut juste être amie avec lui. Cependant, Virgile n'abandonne pas.

Lors du pique-nique annuel du WOOHP, les filles sont surprises lorsque Clover reçoit le prix du meilleur agent WOOHP pour avoir appréhendé Señor Starchy, un nettoyeur à sec maléfique déterminé à « redresser le monde » et qui échappe au WOOHP depuis des décennies.

Jerry récompense les filles en leur offrant une virée shopping exclusive à The Groove, accompagnée de Woohp-ons (coupons). Cependant, quelque chose ne va pas lorsque les filles rencontrent d'étranges vendeurs, puis une bande de robots qui veulent les tuer, et qu'elles n'arrivent pas à s'échapper du centre commercial. Pendant ce temps, les filles se remémorent leurs précédentes aventures.

C'est la saison des fêtes mais les Spies n'ont pas de vacances. Leur dernière mission est d'enquêter sur un objet volant non identifié, juste au-dessus de Beverly Hills.

Lorsque des événements étranges commencent à se produire dans les environs de Beverly Hills : des tornades crasseuses, des inondations de boue et d'énormes lapins de poussière en fuite, Jerry envoie les espions enquêter sur cet étrange phénomène.