"El Candidato" é sobre uma disputa de espionagem, política e crimes na Cidade do México atual. Dois agentes da CIA trabalham infiltrados para pegar o mais poderoso senhor das drogas do México, e acabam descobrindo os segredos mais ocultos dos políticos de mais alta patente do país.

Espionagem, crime e política colidem na Cidade do México dos dias de hoje. Um brilhante e autodestrutivo agente da CIA; sua jovem e ambiciosa discípula, de origem mexicana-americana; e um prefeito carismático e cheio de segredos disputam o poder durante uma invasão da cidade perpetrada pelo cartel de narcotráfico mais sanguinário do mundo.

Wayne trabalha com o Centro de Fusão, um esforço conjunto entre mexicanos e americanos para rastrear os sicários responsáveis pelo recente massacre. Isa ignora ordens para ficar na embaixada e sai atrás de uma pista que leve ao cartel de Guerrero. Lalo coloca sua carreira em risco ao disputar o controle das investigações sobre o narcotráfico com o presidente mexicano.

Isa recruta sua primeira informante, uma fonte com conexões com o cartel, mas ultrapassa limites éticos no processo. Uma visita do passado de Wayne desenterra recordações violentas e desagradáveis. Lalo arrisca seu relacionamento com a esposa para prosseguir com uma acusação de estupro contra jovens de famílias ricas e poderosas. O plano de Bautista para a cidade fica mais claro.

Wayne, Isa e Pamela executam uma arriscada missão envolvendo uma banqueira corrupta que pode levá-los ao cartel de Guerrero. Lalo e Isa se reaproximam enquanto organizam uma exposição de arte, mas seus antigos conflitos ressurgem, ameaçando sua amizade. Os sicários de Bautista conduzem uma misteriosa operação que termina tendo consequências aterradoras para a cidade.

Wayne, Isa e Romero trabalham arduamente para resgatar os reféns. Lalo e sua força policial fazem o mesmo, mas Lalo tem seus próprios motivos. Bautista executa um plano misterioso envolvendo seus sicários. Wayne e Isa terminam se dando conta da razão de Bautista ter invadido a cidade.

Lalo fica abalado pelos acontecimentos do último episódio. Ele faz uma viagem com Isa à propriedade de sua família fora da cidade, onde ela se inteirará de um dos grandes segredos de Lalo. Wayne descobre o ponto fraco de Bautista e o usa para armar uma cilada contra ele. Porém, Bautista também está tramando sua própria armadilha.

Isa rompe com Wayne por causa da recente morte e começa a se arriscar profissional e pessoalmente. Wayne visita uma pessoa de seu passado e, por meio de flashbacks, a origem trágica de seu ódio por Bautista é revelada. Bautista embarca em uma jornada física e espiritual nas montanhas de Guerrero, chegando a uma decisão que acarretará terríveis consequências para Lalo e para todo o México.

As operações ilegais de Wayne finalmente o comprometem, com as investigações do noivo de Isa levando a uma pista que pode causar a prisão de Wayne e Isa. Isa precisa criar um informante falso para encobrir a fraude de Wayne. Bautista ameaça a vida de Wayne, mas, misteriosamente, o deixa vivo. Verónica começa a se dar conta da verdade sobre seu casamento. Lalo suja suas mãos ainda mais.

Lalo tem um confronto direto com o cartel de Guerrero que produz resultados fatais. Uma jogada arriscada de Wayne coloca a ele e a Isa no meio de um embate sangrento com a Federação do Norte. Isa e Lalo chegam a uma conclusão sobre seu relacionamento.

Após os acontecimentos do episódio anterior, Wayne, Isa, Verónica e Lalo chegam a conclusões sobre suas vidas e relacionamentos. Ao final da temporada, alianças iniciais são destroçadas enquanto novas relações se constroem. Nossos personagens principais devem se preparar para a guerra, com novas linhas de combate sendo definidas.