En 2015, le chef des Navy SEAL Ben Edwards (Taylor Kitsch) et l'unité Charlie concluent leur déploiement à Mossoul et confient les opérations à l'unité Alpha de James Reece (Chris Pratt). Avant de rentrer chez eux, Ben et son équipe traquent un chef de l'EI qui a pris pour cible son interprète irakien, et découvrent que le terroriste a des contacts puissants et inattendus.

Les alliés d'Al-Jabouri ripostent contre Ben Edwards et Raife Hastings après leur raid. Mais l'offre d'emploi d'un ancien espion pourrait résoudre tous les problèmes de Ben.

La capture et l'assassinat de Danawi, orchestrés par Haverford, révèlent une nouvelle piste : qui rencontrait-il et pourquoi ? C'est en traquant son argent que Ben et Raife s'associent à des alliés inattendus et forment une "équipe de représailles" qui va devoir rapidement faire face à une menace bien plus grande que prévue.

L'équipe de Ben est durement affectée alors qu'ils tentent d'empêcher le réseau Khalid de livrer les roulements de Molnar. À Genève, l'agent iranien de Haverford peine à jongler entre sa famille, son pays et sa double vie au sein des services de renseignement américains.

Ben, seul et traqué, poursuit son traître. Raife interroge un prisonnier du réseau Khalid, libérant son propre "loup noir" pour obtenir des réponses. De son côté, Tal agit seule afin de faire avancer la véritable mission du Mossad.

De retour dans l'équipe, Ben obtient des réponses invraisemblables. Dans le monde trouble des opérations secrètes, la clarté est rare, fait que Raife refuse d'accepter, ce qui a pour conséquence de creuser le fossé entre le lieutenant et le chef. Ben doit accepter ce flou pour mettre fin à une guerre.

Trois mois après l'échange à l'aérodrome, Ben vit en autarcie dans la Forêt-Noire en Allemagne. Ce dernier est prêt à rompre les liens avec son ancienne vie et à venger les victimes du jeu d'espionnage de Haverford.